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使用monocle包进行pseudotime分析

monocle是一个专门用于分析单细胞转录组数据的R包,提供了聚类,pseudotime, 差异分析等多种功能,该项目的网址如下

2019-12-19
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使用scater包对单细胞转录组数据进行降维分析

对于单细胞的数据,专门制定了一个名为SingleCellExperiment的类,用来存储相关数据。

2019-12-19
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单细胞转录组中的pseudotime究竟是什么

对于单细胞转录组数据,通过聚类分析,我们可以得到细胞亚型,再通过差异分析,可以得到不同细胞亚型的marker基因,结合下游的功能分析,可以让我们对细胞类型和功能有更进一步的认识。...

2019-12-19
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Seurat:用于分析10X单细胞转录组数据的R包

Seurat是一个分析单细胞转录组数据的R包,提供了t-SNE降维分析,聚类分析,mark基因识别等多种功能,网址如下

2019-12-19
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使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分析结果

10X genomics公司不仅为单细胞转录组数据分析提供了配套的cell Ranger软件,同时也提供了专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser,该软件是一个图形界面的软件,操作非常的方便,支持windows和mac两种操作系统,下载地址如...

2019-12-19
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Genome Biology | 利用高通量测序从基因组水平揭示食肉目染色体进化

染色体进化是物种形成和演化的重要驱动因素。具有显著核型差异的食肉目动物为染色体进化研究提供了很好的研究素材。

2019-12-12
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9000字的扩增子背景长文,值得收藏。

大家好,我叫刘永鑫,来自中国科学院遗传与发育生物学研究所,今天很高兴有这次机会为大家来讲扩增子分析系列课程。我本科学习的是微生物学专业,之后又获得了生物信息学博士学位,在短暂的两年博士后科研工作后,留所任工程师,主...

2019-12-10
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青少年女性抑郁症的内在神经回路

请点击上面“思影科技”四个字,选择关注我们,思影科技专注于脑影像数据处理,涵盖(fMRI,结构像,DTI,ASL,EEG/ERP,FNIRS,眼动)等,希望专业的内容可以给关注者带来帮助,欢迎留言讨论,也欢迎参加思影科技的其他课程。(文末点击浏...

2019-11-27
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TMS+ERP:运动皮层同步对先兆亨廷顿病患者运动功能节律性的影响

背景:已有证据表明亨廷顿患者的运动皮层具有结构性的损伤,但不清楚的是这种损伤和运动行为紊乱之间的关系。这种舞蹈性运动疾病的一个症状特征是动作序列之间的时间和协调性发生了变化。我们假设这是大脑皮层运动区神经...

2019-11-06
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Biological Psychiatry:母亲童年时期的受虐待经历对新生婴儿大脑结构的代际影响作用

儿童期虐待是一个严重的国际性社会问题,受虐儿童会在成长过程中出现多种精神疾病,例如:抑郁症伴焦虑症状和(或)共病焦虑障碍等等。这些疾病往往症状重、病程慢性化、社会功能损害重、自杀率高和预后差等。除此以外,这种影响...

2019-11-06
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