circNet是一个环状RNA的数据库,不仅收录了cirRNA的基本信息,还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络,网址如下
ceRNA全称competing endogenouse RNA, 中文叫做竞争性內源RNA。和ncRNA等概念不同,ceRNA并不是代表某种特定类型的RNA,而是一种调控机制。
从名称可以看出,circR2Disease是一个疾病相关的环状RNA数据库,网址如下
circBase是一个环状RNA的数据库,收录了人类,小鼠等多个物种的环状RNA信息,采用了find_circ软件来预测去核糖体文库中的环状RNA,该数据库的 网址如下
circRNA即环状RNA,顾名思义这种RNA是一个闭合的环状结构,经过反向剪切backsplicing形成的 ,示意图如下
中科院北京基因组研究所搭建了国内的大数据中心BIGD, 拥有海量计算资源,5000以上CPU,8PB以上的存储,借助庞大的计算资源,存储了高通量测序产生的各种组学数据,同时集成了各种分析软件,组成了一个组学数据整合,挖掘的应用体系...
随着lncRNA研究的发展,lncRNA的数量越来越多,但是拥有功能注释的lncRNA只占了其中很小一部分。为了更好的开展lncRNA的功能研究,科学家收集文献中人类lncRNA相关的数据,包括了表达量,相关疾病,甲基化位点,SNP位点,功能描述等...
对于预测到的lncRNA序列,通过Repeatmasker软件分析其中的重复元件。所有预测的lncRNA, 又分为以下两类
lncRNome是一个综合性的人类lncRNA数据库,中收录了超过17000个lncRNA,网址如下
NONCODE数据库是一个综合的非编码RNA数据库,该数据库中包含了除tRNA和rRNA之外的其他类型的非编码RNA信息,其中绝大部分是lncRNA,网址如下