如果一个数据集我们采用了两种方法对其进行了分析，可采用如下方法比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系。

刚开始做单细胞测序的下游分析时，常用的是官方文档提供的pbmc3K数据集，但是我对注释出来的细胞类型缺乏相应的背景知识，对单细胞测序背后的生物学意义也很模糊，这里首先对pbmc3K数据集注释出来的细胞类型进行简单的梳理。...

在拿到表达矩阵时我们常常会对其基因表达的总体分布（可选），以及质量控制进行可视化（必须）。这里总结记录相关代码。

本文档记录GSE149638数据集中下载SRR11652578和SRR11652615原始数据

进入到了CMD公共数据层的结尾最后一层-DWS层了，该层基本就是直接与业务强关联，也就是说产品提出的需求，或是报表、用户画像统计好还是数据大屏都是在这一层给处理好数据，再放入ADS层，然后我们只需要在BI里面配备对应的数据...

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) 是一种生物信息学方法，用于确定基因集合（gene sets）在基因表达数据中的显著性变化。它广泛应用于基因表达数据的功能解释，帮助研究者理解在特定实验条件下哪些生物学通路或功能类别...

在分析GSE122709时候，取D1组、D2组分别与NC组进行基因差异与富集的分析时候，遇到一个问题就是D2/NC比较，进行KEGG分析时候什么结果都没有。查找原因时候遇到了一些问题，这里做简单的记录。...

在尝试复现GSE157718数据集的时候，发现网站同时提供了表达矩阵tpm形式与count形式，因此分别用这两种形式进行基因差异与富集分析，再进行对比。

在上篇文章的进度和基础之上，我们已经算是构建好了ODS数据引入层，ODS这一层构建的比较简单，没有很多限制规范，但是CDM数据公共层可以算得上是数据仓库的主题，之前我们也将DWD数据明细层、DIM数据维度层和DWS公共汇总层都归...

直接从GEO官网下载表达矩阵，临床信息表格（存放在Series Matrix File中），放在工作目录下；