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课前准备----高通量单细胞分析数据集中的体细胞突变检测

体细胞突变在单细胞分辨率上的表征对于研究癌症进化、克隆嵌合和细胞可塑性至关重要。体细胞突变在单细胞分辨率上的表征对于研究癌症中的遗传异质性和细胞可塑性、非肿瘤组织中的克隆嵌合体以及确定在恶性细胞和表型...

2024-09-08
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课前准备---脑膜瘤异质性和进化的时空机制(空间 + CNV + 蛋白)

从9名患者中切除的10例高级别脑膜瘤(指定为M1-M10)的16例颅内样本进行了临床、组织学和分子分析。

2024-09-07
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单细胞降维聚类分群注释全流程学习(seruat5/harmony)

https://mp.weixin.qq.com/s/drmfwJgbFsFCtoaMsMGaUA

2024-09-07
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常见不同单细胞类型数据读取及Seurat对象创建方法整理(单多样本/10X/h5/txt/csv/tsv)

需要把barcodes, features, matrix三个文件放入同一个文件夹中,这三个文件构成一个样本数据。

2024-09-07
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课前准备---单细胞数据检测SNV(变异、插入、缺失、等位基因连锁)

尽管单个细胞的测序深度有限,但典型的scRNA-seq数据集包含大量细胞。因此,合并来自多个细胞的数据可以有效地增加可测试事件的数量,用于遗传变异和剪接之间的连锁分析。...

2024-09-06
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知识积累----空转转录因子TF活性的计算框架

分析基于spot的ST数据集,以估计spot特异性TF活性,并识别与特定细胞类型、空间结构域、病理区域和配体/受体相关的TF。大多数基于spot的ST分析方法的一个关键限制是缺乏单细胞分辨率,因为空间RNA-seq测量结合了多个细胞。...

2024-09-05
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单细胞空间多组学分析中的外显子分析部分

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2024-09-04
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空间转录组合作项目分析示例(三)

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2024-09-02
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知识积累---空间数据结合图像分割实现单细胞级解卷积分析

在10X Visium平台上,将组织切片放置在载玻片上,在载玻片上用条形码逆转录物(RT)引物在固定坐标上分析相同大小的spot。在组织渗透过程中,mRNA分子垂直向下扩散到固体表面,并在原位spot内与RT引物局部杂交。进一步提取cDNA...

2024-09-01
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知识积累---Graph Fourier transform用于复杂器官的空间组学表征和分析

通过SpaGFT识别的ftu不仅仅是细胞聚集的区域,而且反映了基于空间协调的分子特征的细胞和区域活动以及细胞-细胞相互作用。

2024-08-30
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