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课程补充----关于单细胞空间外显子分析的突变空间微环境解析

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2024-09-16
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单细胞非负矩阵分解分析python版(cNMF)学习

前置一个推文,老师的推文已经详细讲解了非负矩阵分解的算法原理~ 如果对算法原理感兴趣的可以点击以下链接~

2024-09-15
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去除单细胞数据中环境游离的RNA污染-decontX工具学习

DecontX 是一种用于单细胞 RNA 测序数据的去除环境污染物(decontamination)的工具,主要用于减少由细胞外RNA造成的污染效应。

2024-09-14
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课前准备----癌症基础总论

随着癌症生长,营养通过直接扩散的方式从血液中获取。 一些酶(如蛋白酶)能够破坏邻近组织,有利于肿瘤的局部生长。 随着癌症体积的增加,癌症可能会释放血管生成因子,例如血管内皮生长因子 (VEGF),促进进一步生长所需的新血管...

2024-09-13
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DoubleFinder去除双细胞分析学习

在单细胞RNA测序过程中,有时两个或多个细胞可能在制备过程中意外结合成一个单一的"假细胞",称为双峰细胞或双倍体。这些双峰细胞可能会扭曲数据分析和解释,因此,需要使用一些方法对它们进行识别和剔除。其中DoubleFinder...

2024-09-12
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外显子分析课前准备---单细胞数据3'UTR长度与基因表达调控

在mRNA中,3 '非翻译区(3 ' UTR)位于编码序列终止密码子和poly(A)尾部之间。mRNA和3'UTR长度由mRNA前切割和聚腺苷化(CPA)决定,CPA机制在识别聚腺苷化信号(PAS)后启动。大约一半的人类基因使用选择性裂...

2024-09-11
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个性化分析(原位)---空间转录组微环境(邻域)细胞聚类 + 突变信息

为了衡量iTME异质性的程度,根据14种肿瘤和免疫细胞亚型计算肿瘤的多样性评分。发现所有应答者的多样性得分都很高。将无应答者分为两个不同的亚组,即多样性得分高的亚组和多样性得分低的亚组。...

2024-09-10
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单细胞拟时序/轨迹分析原理及monocle2流程学习和整理

在生命演进的过程中机体会随着时间的变化而产生不同的变化。从婴幼儿长大为成年人再到老年人的过程中,我们的身体机能经历了从"弱-强-弱"的变化过程(宽泛的说),以年为单位来看,有可能我们在10多岁的时候一年内一下子长高...

2024-09-09
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空间转录组合作项目分析示例(四)

腾讯云开发者社区是腾讯云官方开发者社区,致力于打造开发者的技术分享型社区。提供专栏,问答,沙龙等产品和服务,汇聚海量精品云计算使用和开发经验,致力于帮助开发者快速成长与发展,营造开放的云计算技术生态圈。...

2024-09-09
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单细胞细胞周期矫正分析流程学习(Seurat)以及关于是否应该矫正的思考

单细胞细胞周期矫正的目的从宽泛的角度来说是因为它可以消除由于细胞周期阶段不同而导致的基因表达异质性。在单细胞数据中,不同细胞可能处于不同的细胞周期阶段(如G1、S、G2或M期),这些阶段会影响细胞的基因表达模式,尤...

2024-09-08
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