SingleR 是一种用于单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据分析的自动注释工具。它的主要功能是基于参考数据集为未注释的单细胞数据进行细胞类型注释。SingleR 使用了来自已知细胞类型的参考数据集（如公共的参考表达谱数据库）来...

之前绘制过FindMarkers/FindAllmarkers差异分析后的单细胞差异基因火山图，除了FindMarkers/FindAllmarkers这种方法以外，pseudobulks是另一种单细胞差异基因分析的方法，这次就来学习和整理一下。...

肾脏是人体中复杂的三维结构，人体肾脏每天过滤超过140升的血浆，重新吸收重要的营养物质，排泄水和电解质，排除毒素以维持体内环境。结合snRNA-seq/scRNA-seq和snATAC -seq、Visium、CosMx，研究肾脏慢性疾病的发病机制。...

现在的单细胞分析，往往避免不了scanpy的使用，我们可以通过对比seurat来学习scanpy

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代码：https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html

单细胞RNA测序(scRNA-seq)在生物医学研究中的应用，提高了对疾病发病机制的认识，并为新的诊断和治疗策略提供了有价值的见解。随着包括临床样本在内的高通量scRNA-seq数据的扩大，对这些大量数据的分析已经成为进入这一领...

作者，Evil Genius周二了， 世界杯占用了一些时间，近期的工作由于疫情的影响几乎没有什么强度，但是呢，我这样的人只是知识的传播者，拥有科研数据需要发文章的研究者才是知识的创造者，更值得大家学习。今天我们来讨论一个问题，关...

在癌症患者的肿瘤中，恶性细胞被复杂的非恶性细胞网络所包围，非恶性细胞网络根据其细胞类型和丰度，可能具有促肿瘤或抗肿瘤作用。体外和临床前动物模型表明，肿瘤相关菌群中的细菌在癌症发展、转移、免疫监视和化疗耐药中起...

分析策略：两组病人（PS and AD），血液样本和皮肤样本分开整合注释（所以不要一味的做整合分析）。