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NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估

FASTQ文件格式和命名高通量测序之后用于下游分析的数据一般存储在FASTQ文件中。为了节省空间,又不影响下游使用,也一般用gzip压缩的格式。单端测序每个文库只返回一个FASTQ文件,双端测序两个FASTQ文件,左端一般命名为_1或...

2018-02-05
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不是原配也可以-对接非原生配体

Docking非原生配体在前面的例子中,AutoDock Vina能把配体构象调整到几乎原生的构象,验证了这一预测方法的准确度。下面,我们尝试docking另外一个配体药物nelfinavir奈非那韦,来展示如何寻找小分子在蛋白内的结合位点。这...

2018-02-05
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测序数据可视化 (四)- Epigenomebrowser

Epigenomebrowser是华盛顿大学王艇教授团队开发的强大的基因组浏览器,可以显示Hi-C和ChIA-PET等三维基因组结构的数据。同时还带有比较多的小工具方便在线获取信息、分析和作图。Ep...

2018-02-05
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测序数据可视化 (一)

测序reads比对回基因组后,可以通过多种方式查看比对结果。直接查看bam文件可查看测序序列比对的信息和测序序列的碱基突变信息,在检查比对结果或分析全基因组或外显子组测序时会有帮助。但BAM文件比较大...

2018-02-05
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基因组分析中多物种同源基因的鉴定和筛选

OrthoMCL能做什么Orthologs are homologs separated by speciation events. Paralogs are homologs separated by duplication events. Detection of orthologs is becoming mu...

2018-02-05
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本地安装UCSC基因组浏览器

UCSC基因组浏览器在大规模高通量数据的可视化和比较分析研究中发挥着重要的作用。 本文详细介绍了如何一步步在本地安装、配置、高级使用UCSC浏览器。安装UCSC浏览器1. 安装mysql+apache#For Ubuntu usersudo apt-get...

2018-02-05
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分子对接简明教程 (4)

文件格式解释PDB文件 (详细格式描述)基本信息部分HEADER记录: 包括分子的分类、提交日期、PDB IDTITLE记录: 为该结构的描述,如果有多行,除第一行外,其它行有连续的数字标示。COMPND记录: 包含分子数目、名字、链特征、...

2018-02-05
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腾讯刘琼:互联网+医疗玩什么

9月15日晚,第15期互联网前沿沙龙如期举行,丁香园董事长李天天、移动医疗创业公司e陪诊CEO岳建雄、春风创投合伙人毕磊、腾讯研究院高级研究员刘琼共同探讨了互联网+医疗背景下,健康管理的发展机遇。...

2018-02-01
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2017“两会”互联网行业值得关注的15大热词|附深度干货

一、人工智能  人工智能成为2016年互联网行业的最大热点,阿尔法狗与李世石的对战让大众认识到人工智能原来已经离我们这么近。人工智能所引发的不仅是产业层面公司之间的竞争,美欧等国也在国家层面纷纷推出各自的人工...

2018-02-01
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重磅报告:解读2016互联网医院崛起及未来三大趋势

前  言11月16日,第三届世界互联网大会将正式召开。大会首次设立“互联网+智慧医疗 ”分论坛,政府及产业等各界人士共同探讨互联网与医疗深度融合的创新解决方案。作为解决看病难问题的创新解决方案,互联网医院正迎来越...

2018-02-01
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