Circos是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75列...

富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要方法之一。其中代表性的计算方式有两种：一是基于筛选的差异基因，采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其它定义的通路富集。假设背...

Cytoscape 简介Cytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。软件的核心部分提供了网络显示、布局、查询等方面的基本功能。软件的核心可以通过插件架构进行扩展，这样就能快速地开发出新的功能。Cytoscape 源自...

最近做培训时整理的一部分TCGA相关数据库的使用总结。在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似，输入一个或多个关注的目的基因，查看基因的功能注释，基因...

TCGA是不错的癌症研究数据资源，但癌症研究不只是有TCGA。ICGC国际癌症基因组联盟，有亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89个项目，包括25,000个肿瘤基因组。目的是To obtain a comprehensivedescription of ge...

psRobot：植物小RNA分析系统简介官网：http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/PsRobot是中科院遗传发育所王秀杰组的作品，主要实现小RNA的ma

GFF 文件GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。从 Ensembl 导出的GFF文件示例：X Ensembl Repeat 2419108 2419128 42 . . hid=trf; hstart=1; hen......

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析、ChIP-seq分析、DNA甲基化分析、重测序分析五部分内容。NGS基础系列文章包括高通量测序原理，测序数据获取和质量评估，常见文件格式解释和转换4部分。...

还在为不会分析大数据发愁吗？还在为无法查询和比较发表文章中感兴趣基因表达值抱怨吗？使用genevestigator，高效利用已经有研究结果，轻松与同行研究结果比较！！！GENEVESTIGATO...

为了一件小事也不得不写程序时，你是否会觉得心里很烦？本栏目旨在分享生物信息分析中的一些小技巧，纯傻瓜式操作，助你事半功倍，心情倍儿爽。想要提取拟南芥1号染色体，正义链6666-8888位置的序列？你...