今年 12 月,QIIME 2 团队选择放弃计划的 2023.11 版本,转而减少拉取请求的长队列并开发一些新功能。
有关 2024.2 中计划中的向后不兼容接口更改的完整详细信息,以及最新的环境文件可以在此处找到![1]
QIIME 2 2024.2 版本现已发布!感谢所有参与者的辛勤工作!
提醒一下,我们计划的下一个 QIIME 2 版本计划于 2023 年 5 月发布(QIIME 2 2023.5),但请继续关注更新。
查看QIIME 2 2024.2 文档[2]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请在 QIIME 2 论坛上联系!
Docker 镜像将在本周晚些时候构建。
重要:QIIME 2 2024.2 中的界面更改
在 2024.2 版本中,以下接口更改已生效(如前所述[3]):
- 配置要使用的线程数/CPU 数的所有现有操作参数都已更改为**
Threads
类型,以便标准化有效输入。使 QIIME 2 中与并行化相关的参数**的一致性,并且在接口(如 Galaxy)需要管理并行化而不是用户管理并行化的上下文中非常重要。 q2-vsearch
插件中的merge-pairs
方法现在通过--o-unmerged-sequences
选项输出未合并的读取。调用qiime vsearch merge-pairs
现在需要提供--o-unmerged-sequences
或提供--output-dir
。feature-table
插件中的summarize
方法不再接受FeatureTable[RelativeFrequency]
语义类型作为输入。在审查内容后,我们意识到所呈现的大部分信息(例如,汇总的特征频率)都没有意义(他们没有错,只是没有有意义的解释)。feature-table
插件中的subsample
方法已重命名为subsample-ids
,以避免与rarefy
和*-rarefaction
方法混淆。
以下是该版本的亮点:
Distribution Updates[4]
- 将 RESCRIPt 添加到扩增子发行版中
- 将
q2-fondue
和q2-vsearch
添加到 Shotgun 发行版中 - 从 Shotgun 分发中删除了
q2-types-genomics
,作为统一q2-types
和q2-types-genomics
的更大更新的一部分(有关此更改的更多详细信息,请参阅q2-types
)
框架更新[5]
- 修复了允许在现有目录中创建缓存的 bug
- 修复了 OSX 用户在尝试使用无关联引用时由 tmpdir 清理导致的回收错误的问题
- 在 parsl 配置中添加了对更多 parsl 功能的支持
- 可以重放包含 ResultCollections 的源,而以前 provenance replay 不支持这些源。
接口更新
- q2cli[6]
- 添加了
qiime tools cache import
,允许将数据直接导入到 cli 上缓存中的工件的命令 - 修复了一个 bug,该 bug 使无法启动键控集合成员输入的路径
~
- 在
import
和cache-import
命令上公开--validate-level
选项,允许用户自定义验证导入数据的程度。这对于导入非常大的数据集非常有用,因为完全验证时间过长。python API 中也公开了相同的参数。qiime tools import
对于存在最少验证器的格式,--validate-level min
可用于相对于默认 (--validate-level max
) 加快导入速度。如果您希望看到对不存在的最小验证器--validate-level min
的支持,请在q2-types[7]上提交问题。在您的问题中,请包含有关带参数和不带参数的qiime tools import
命令运行时的详细信息。 - 修复了与元数据文件与元数据列参数关联的错误处理中的
missing metadata-file
错误,该错误在未提供metadata-column
参数时会产生错误
- 添加了
- q2view[8]
- 修复了不允许使用新的 Dropbox URL 加载工件/可视化的问题
插件更新
- q2-assembly[9]
- 添加了对
assemble-megahit
、index-contigs
和map-reads-to-contigs
操作的并行支持
- 添加了对
- q2-cutadapt[10]
- 公开了
demux-paired
和demux-single
命令上的--p-cut
选项,以支持具有 poly-N 尾部的库 - 在
demux-single
和demux-paired
命令中添加了对锚定适配器的支持,以提高置信度和更快的解复用速度
- 公开了
- q2-dada2[11]
- 修复了
denoise-paired
一个错误,即在过滤和去噪步骤后,序列为零的样本被丢弃,但在合并和后续步骤后保留了序列为零的样本。这些样本现在从结果表中删除,但保留在去噪统计信息中
- 修复了
- q2-demux[12]
- 修复了
demux summarize
导致 NaN 出现在可视化中的 bug
- 修复了
- q2-diversity[13]
- 从
core-metrics
和core-metrics-phylogenetic
中的emperor plot
公开了参数ignore_missing_samples
。这允许用户在使用任一核心指标管道时处理其元数据文件中缺少其输入表中存在的样本的情况
- 从
- q2-diversity-lib[14]
alpha-diversity
更新为依赖 API 并基于每个样本biom.Table
执行 alpha 计算(避免转换为全密集矩阵)
- q2-feature-classifier[15]
classify-consensus-vsearch
进行了更改,从而减少了内存负载和运行时间- 提高了基于置信度的物种分类预测的效率和性能
- q2-功能表[16]
- 添加了返回要素频率、样本频率和汇总可视化的管道**
summarize-plus
**,以及对原始summarize
可视化的一些数字格式改进 - 修复了
tabulate-seqs
序列上的超链接未链接到 BLAST 的问题 - 添加了所有过滤方法的
--p-allow-empty-table
参数(即filter-samples
,filter-features
和filter-features-conditionally
),如果提供的过滤参数导致空表,则默认引发错误
- 添加了返回要素频率、样本频率和汇总可视化的管道**
- q2-moshpit[17]
- 添加了对
classify-kraken2
操作的并行支持
- 添加了对
- q2-quality-control[18]
- 修复了
decontam-identify
用户元数据中不允许使用特殊字符的 bug
- 修复了
- q2-sample-classifier[19]
- 在
classify-*
和regress-*
操作中添加了对其他 FeatureTable 类型(即 RelativeFrequency、PresenceAbsense、Composition)的支持
- 在
- q2-types[20]
- 扩展了
ProteinFASTAFormat
允许的字母表,以包括 U、O、J 和所有小写字符 - 将所有类型/格式/转换器/等从 q2-types-genomics 迁移到 q2-types。这提高了不同发行版之间的兼容性。
- 扩展了
- q2-vsearch[21]
- 公开输出
--o-unmerged-sequences
,允许用户将未合并的双端读取保留为工件,以便进一步分析 - 向命令公开了
--p-strand
选项,以添加cluster-features-de-novo
对混合方向读取的支持
- 公开输出