Day6-i 生信星球学习

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安装&加载R包&使用

镜像设置

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))清华源

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 中科大源

安装

install.packages(“R包名称”)

BiocManager::install(“R包名称”)

加载

library()和require()

eg: dplyr

install.packages("dplyr")

library(dplyr)

test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)##新增列

select(test,1)按列号筛选

select(test, Petal.Length, Petal.Width)按列名筛选

filter(test, Species == "setosa")

filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )

筛选行

按某1列或某几列对整个表格进行排序

arrange(test, Sepal.Length)从小到大

arrange(test, desc(Sepal.Length))从大到小

summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))平均值和标准差计算

管道操作 %>% (cmd/ctr shift M)

count统计某列的unique值：count(test,Species)

內连inner_join,取交集:inner_join(test1, test2, by = "x")

左连left_join：left_join(test1, test2, by = 'x')

全连full_join：full_join( test1, test2, by = 'x')

简单合并:bind_rows()两个表格列数相同，bind_cols()两个数据框有相同的行数

练习 理解，熟能生巧！