Day7-i 生信星球学习--测序相关知识
双脱氧核苷酸 ddNTP
一代测序（Sanger测序）
准确性高，通量低，成本高
二代测序
读长短，拼接困难，PCR技术增加了测序的错误率
1.Roche公司的454技术
平台：罗氏454公司的GS FLX sequencer
第二代测序技术中第一个商业化运营的测序平台
2.illumina公司的Solexa/Hiseq技术
平台：Illumina solexa genome analyzer
3.ABI公司的SOLID技术
平台：ABI公司的SOLiD sequencer
三代测序
PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术——目前来说准确率较低
测序相关名词定义：
flowcell： 测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lane
lane： 测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置
tile： 每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的
双端测序： 可能序列比较长有四五百bp，两边各测120-150bp
junction： 双端测序中间一些没有测到的区域
flowcell构造：一个lane包含两列（swath），每一列有60个tile，每个tile会种下不同的cluster，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）
边合成边测序（sequence by synthesis, SBS）～合成
构建DNA文库
上样
桥式PCR
测序
名词结构化
基因组学（核酸序列分析）
（1）全基因组测序（WGS）
（2）全外显子组测序（WES）
（3）简化基因组测序（RRGS）
作用：
（1）基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）
（2）核苷酸序列分析
（3）基因定位
（4）基因功能分析
其它：
（1）以全基因组测序为目标的结构基因组学
（2）以基因功能鉴定为目标的功能基因组学
转录组学（基因表达分析）
（1）mRNA-Seq
（2）IncRNA-Seq（长链非编码RNA）
（3）sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）
作用：
（1）获得物种或者组织的转录本信息
（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等
（3）发现新的基因
（4）基因结构优化
（5）发现可变剪切
（6）发现基因融合
（7）基因表达差异分析
蛋白质组学
（1）蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定
（2）构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
（3）蛋白质结构功能预测
（4）蛋白质连锁图
代谢组学
（1）代谢物指纹分析
（2）代谢轮廓分析
