安装miniconda
搜索https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
进入网页后安装64位最新版本
右键-复制下载链接
在终端 biosoft文件夹下wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
下载sh脚本文件
通过bash命令运行sh文件bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
最后source ~/.bashrc
激活conda,进一步在base环境下输入conda,出现满屏的信息说明成功了
设置镜像
所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度
把下面的代码全部复制到命令行,粘贴、回车(注意理解代码的意思)
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
- 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
- 安装软件
conda install fastqc -y
【-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes,不加yes需要手动键入确认安装】,键入fastqc --help
查看是否安装成功,即出现大片帮助文档 - 查看环境
conda info --envs
(前面带*的就是当前激活的) - 激活环境
conda activate 环境名
- 关闭环境
conda deactivate 环境名