Day3 Linux环境下的软件安装--hola

2024-03-06 23:01:37 浏览数 (1)

安装miniconda

搜索https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

进入网页后安装64位最新版本

右键-复制下载链接

在终端 biosoft文件夹下wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh下载sh脚本文件

通过bash命令运行sh文件bash Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh

最后source ~/.bashrc激活conda,进一步在base环境下输入conda,出现满屏的信息说明成功了

设置镜像

所谓镜像网站,相当于主网站的副本,conda在国外,我们在国内下载软件速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度

把下面的代码全部复制到命令行,粘贴、回车(注意理解代码的意思)

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

  • 查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list
  • 安装软件 conda install fastqc -y【-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes,不加yes需要手动键入确认安装】,键入fastqc --help查看是否安装成功,即出现大片帮助文档
  • 查看环境 conda info --envs (前面带*的就是当前激活的)
  • 激活环境conda activate 环境名
  • 关闭环境 conda deactivate 环境名

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