一种下载GEO原始数据CEL文件的方法(网络不畅通版)

2023-06-22 17:26:48 浏览数 (1)

在上一篇介绍了网络畅通情况下的下载CEL文件的方法,此处笔者偶然间发现了另外一种网络不通情况下的下载CEL文件的方法。

首先与前篇文章一样,获得需要的GsmID的URL

在已知GSM样本号之后,笔者以“GSM21231”为例。使用getGEOSuppFile函数获得cel文件的URL。

(此处的参数 fetch_files 要选择FALSE(默认为TRUE),表示不进行实际文件的下载)

代码语言:javascript复制
fileURL<- getGEOSuppFiles("GSM21231", fetch_files = FALSE) 
fileURL<-fileURL[1,2]

可以结合循环获得所有想要的文件的URL,之后下载Chorme浏览器中的pasty插件,这个插件的功能是,将一连串的URL同时打开(这也对应着一连串的Cel文件的下载)。而且这种方式的下载速度贼快,比之前网络畅通方法的速度还快。(笔者认为可能是传输协议和浏览器内核的原因?)在下载到本地之后,根据GSE和GSM的包含关系,再将这些文件数据进行进一步整理。

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