今日学习内容:
- 了解conda
- 下载和安装miniconda
- 下载个软件看看
conda
conda是linux的软件商店
minconda包含了Python和conda,可用于生信使用
装载miniconda
- 下载 搜索“miniconda 清华”,找到镜像网站 查询服务器版本:uname -a 复制最新版本的链接 回到服务器:先cd biosoft,再wget 链接
- 安装
根据最新版本的文件名
bash Miniconda3-py39_23.5.2-0-Linux-x86_64.sh
- 激活
source ~/.bashrc
测试:输入conda - 添加中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
安装和卸载软件
conda list
查看软件列表
conda install fastqc -y
安装软件fastqc (-y是yes,指安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
(如果需要用到老版本,可以conda install fastqc=0.11.7 -y)
fastqc --help
查看fastqc的帮助文档
conda remove fastqc -y
卸载fastqc