DAY3-linux环境下的软件安装

2023-07-22 21:59:09 浏览数 (1)

linux内的“应用商店”----conda

精华版conda----miniconda的下载和安装

miniconda的下载

  1. 进入miniconda 清华
  2. 查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
  3. 安装最新版本（latest）
  4. 右键-复制下载链接
  5. 进入cd ~/biosoft（我的软件下载区）
  6. wget 复制的下载链接

（一共以上六步完成下载）

miniconda的安装和激活

代码语言：javascript复制
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #输入这个开始下载，有要选择的地方输入yes
#完成安装后，还需要激活
source ~/.bashrc #来激活conda
conda  #输入conda后即可得到很多代码，则已经完成安装和激活

添加镜像

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conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用

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conda list  #查看所有安装软件列表
conda install fastqc -y  #安装软件   fastqc为软件名
conda install fastqc=0.11.7 -y  #   0.11.7为版本号  如要安装fastqc 0.11.7版本的软件则需要特殊标明
fastqc --help   #确认是否安装成功，如果出现帮助文档则为成功   
conda remove fastqc -y   #卸载软件
学习笔记

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