函数和参数
写函数的函数function
代码语言：text复制jimmy <- function(a,b,m = 2){
(a b)^m
}
##a,b,m为形式参数；jimmy为函数名称；m的默认值为2;
##大括号内为编写函数使用的代码；
> jimmy(a = 1,b = 2)
[1] 9
> jimmy(1,2)
[1] 9
> jimmy(3,6,-2)
[1] 0.01234568
plot(iris[,1],col = iris[,5])
plot(iris[,2],col = iris[,5])
plot(iris[,3],col = iris[,5])
plot(iris[,4],col = iris[,5])
#当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环
jimmy <- function(i){
plot(iris[,i],col=iris[,5])
}
jimmy(1)
jimmy(2)
jimmy(3)
jimmy(4)安装R包
多个函数打包存放
包含函数，数据，帮助文档，描述文件等。
特定分析功能需要相应的包实现。
找到R包的使用规律
R包的位置：CRAN
代码语言：text复制install.packages("tidyr")R包的位置：bioconducter
代码语言：text复制BiocManager::install("ggplot2")R包的位置：github
代码语言：text复制devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1")不知道从哪里来？
安装后加载
代码语言：text复制library(stringr)
require(stringr)
library("stringr")
#library() 检查包是否安装成功的唯一标准国内镜像
代码语言：text复制# 清华镜像
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
# 中科大镜像
# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/
Bioconductor设置镜像（每次使用R studio都需要设置）
代码语言：text复制options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")已经安装的R包可以用::快速调用里面的函数
代码语言：text复制pheatmap::pheatmap()常见疑问
更新一个包：重新安装或者先删除后重新安装；
分情况讨论安装包
代码语言：text复制if(!require(stringr))install.packages("stringr")
看看包里面有哪些函数
代码语言：text复制ls("package:stringr")
