认识Bioconda
- conda是软件下载器，相当于App store
- 日常使用mini conda即可miniconda的下载
miniconda的下载
- 进入清华镜像网站，选择与服务器匹配的版本，复制链接后在服务器内粘贴运行。
uname -a可以查看服务器是多少位
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh (这是最新版64位miniconda的win链接)
minnicoda的安装
- 安装失败，不需要再次下载安装包，从这里开始重新安装即可
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh该指令回车运行- 很多版权信息，按回车
（切记！按enter按慢点）
- 出现程序询问yes/no， 回答yes
此处是我安装时遇到的BUG，会在运行yes后出现跳Y的情况，原因是按回车太快了，没有看到程序问询yes/no。 出现跳Y的情况，按CTRL中止运行，不需要删除miniconda文件（rm -rf miniconda）解决跳Y问题后，继续回车
- 出现
Thank you安装完成结束
miniconda的激活
source ~/.bashrc命令激活miniconda- 运行命令后出现满屏信息，说明成功
添加镜像网站
conda的使用
- 查看服务器上所有软件列表
conda list
- 安装列表软件
conda install fastqc -y
- 确认软件是否安装成功
软件名 --help
如果出现一大堆文字，即为成功
- 卸载软件
conda remove 软件名字 -y
查看conda有什么环境
conda info --envs
带*的是默认环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
意思为建立一个名字为rnaseq的conda环境，指定pathon版本为3，安装fastqctrimmomatic这两个软件。
