conda下载multiqc出现报错+conda配置镜像+R语言环境修改

一、conda下载multiqc出现报错

1.在fastqc环境中下载multiqc

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conda install -c bioconda multiqc python=3

2.出现报错”RuntimeError: Click will abort further execution because Python 3 was configured to use ASCII as encoding for the environment

解决方法：

每次运行前设置编码环境变量

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export LC_ALL=en_US.utf-8
export LANG=en_US.utf-8

二、Conda环境配置国内镜像源

1. 阿里云

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conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda/

2.北京外国语大学

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conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

3.清华大学

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conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

4.西安交通大学

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conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

删除镜像

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conda config --remove channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

查看镜像

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conda config --show channels

三、R语言不同版本切换

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r语言 生物基因

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