linux环境下的软件安装
在服务器上安装应用商店Miniconda
1.用命令-uname -a查看服务器linux版本
2.在清华镜像上复制miniconda对应版本链接
3.用weget指令 下载miniconda至服务器
安装miniconda
1.bash mini（Tab键补齐）
2.按提示输入（enter or yes）直至安装完成
3.激活很最要，要不然用不了！！！（指令source ~/.bashrc）
添加镜像
应用商城里的软件都在国外，直接下载比较慢。设置国内镜像后再下载软件就比较快了
- 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
正式使用conda
conda一些命令
conda list: 看这个环境下安装的包和版本
conda install 软件名 -y: 安装xx包
conda remove 软件名 -y：卸载XX包
conda env remove 环境名 : 删除环境
conda info --envs 或conda env list: 查看所有的conda环境
- 1.默认安装最新版本。
- 2.如果要指定版本号，可以conda install fastqc（包名）=0.11.7（版本号） -y
多个conda环境切换
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的
- 1.查看当前conda有哪些环境：conda info --envs或conda env list，带*为当前所处环境
- 2.创建新的环境：conda create -n 环境名 -n是--name的缩写
- 3.切换环境：conda activate yourEnv。root前面（）内是什么就是哪个conda环境中
- 4.退出conda环境：conda deactivate
- 5.再次激活某个conda环境：conda activate 环境名
