生信技能树学习笔记1

R Markdown

knitr::knit("")

转换为md文件

代码语言：text复制

is.numeric("A") 

代码语言：txt复制

## [1] FALSE

代码语言：text复制

##是否为数值型数据，返回值为TRUE或FALSE
as.numeric("4")

代码语言：txt复制

## [1] 4

第一讲：认识R

" > "在R语言中是命令提示符

()前面的单词是函数

getwd()

获取绝对路径

路径补充

文件在桌面上，不在工作目录下，怎样读取

绝对路径，换了电脑就读不成功

x1 = read.csv("C:/Users/win10/Desktop/x.csv")

相对路径，文件的相对位置正确，则可以读成功

x1 = read.csv("../x.csv")

把x.csv放进了工作目录下的test文件夹里

x1 = read.csv("test/x.csv")

把整个biotrainee换个位置或者发给别人，仍然可以读取成功

字符型数据："a",'b'

逻辑型数据：TRUE,FALSE,NA

数值型：1.3,2

class()

###判断数据类型

第二讲：数据类型

1. 逻辑型数据

与 &， 或 |，非 !，等于 ==，不等于 ！=

2. is族函数

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is.numeric("A") 

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## [1] FALSE

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##是否为数值型数据，返回值为TRUE或FALSE

3. as族函数实现数据类型之间的转换

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as.numeric("4")

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## [1] 4

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4

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## [1] 4

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##将其他数据转换成数值型数据

4. 数据结构

向量（一串数据，数据框中单独拿出一列是向量，视为一个整体，一个向量只能有一种数据类型，可以有重复值）

数据框（约等于表格，一列只能有一种数据类型）

矩阵

列表

4.1 向量的生成

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c(2,3,15,5,7)

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## [1]  2  3 15  5  7

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c(1:9)

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## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9

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rep("x",times=3)

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## [1] "x" "x" "x"

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##有重复的用rep()，有规律的序列用seq(),随机数用rnorm()
seq(from=3,to=21,by=3)

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## [1]  3  6  9 12 15 18 21

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paste0(rep("x",times=3),1:3)

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## [1] "x1" "x2" "x3"

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###paste0函数是把数据连在一起。连接函数

一个向量中有不同数据类型时有优先级

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c(1,"a")

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## [1] "1" "a"

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c(TRUE,1)

代码语言：txt复制

## [1] 1 1

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#C(FALSE,"a",TRUE)

变量名的取名规则：x_1,x.1,b1,A,a可用，x-1,2a,x 2,seq,c,巴拉巴拉不可用。

4.2 对单个向量进行操作

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#简单计算
x<-c(1,3,5,6)
log(x)

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## [1] 0.000000 1.098612 1.609438 1.791759

代码语言：text复制

sort(x,decreasing=T)

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## [1] 6 5 3 1

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##默认从小到大，T会变成从大到小

常用函数：

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x<-c(1,3,5,6)
var(x)#方差

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## [1] 4.916667

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sd(x)#标准差

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## [1] 2.217356

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length(x)#x长度

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## [1] 4

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unique(x)#去重复

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## [1] 1 3 5 6

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duplicated(x)#判断是否重复

代码语言：txt复制

## [1] FALSE FALSE FALSE FALSE

代码语言：text复制

table(x)#重复值统计

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## x
## 1 3 5 6 
## 1 1 1 1

代码语言：text复制

sort(x,decreasing=T)#排序##默认从小到大，T会变成从大到小

代码语言：txt复制

## [1] 6 5 3 1

4.3 对两个向量进行操作

在R语言中，paste和paste0都是用于连接（concatenate）字符串的函数。它们的区别如下：

paste()函数：将多个输入对象连接成一个字符串，并在每两个相邻的对象之间添加分隔符，默认为一个空格。例如，paste("a", "b", "c")返回值为 "a b c"。

paste0()函数：与paste()函数类似，但是不会在对象之间添加分隔符。例如，paste0("a", "b", "c")返回值为 "abc"。

因此，如果你需要在字符串之间添加分隔符，则使用paste()函数；如果你不需要添加分隔符，则使用paste0()函数可以使代码更简洁易读。

这里还有一些其他的区别：

paste函数可以接受多个参数，并将它们连接起来，而paste0只接受两个或多个参数。

paste函数的默认分隔符是空格，但是你可以使用sep参数来指定自己想要的分隔符。而paste0没有分隔符参数，始终不添加分隔符。

总之，paste()和paste0()函数的主要区别在于是否添加分隔符。

4.4 利用循环补齐简化代码

（1）等位运算

（2）向量长度不相等

以长的为主

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paste0("student",seq(2,5,2))

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## [1] "student2" "student4"

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paste0(rep("student",times=7),seq(from=2,to=15,by=2))

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## [1] "student2"  "student4"  "student6"  "student8"  "student10" "student12" "student14"

4.5 对向量取子集

按照逻辑值：中括号里是与x等长且一一对应的逻辑值向量，

按照位置：中括号里是由x的下标组成的向量。

生物基因 r语言

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