简读分享 | 张鑫 编辑 | 赵晏浠
论文题目
iDVIP: identification and characterization of viral integrase inhibitory peptides
论文摘要
抗逆转录病毒肽是一种生物活性肽，通过各种机制对逆转录病毒具有抑制作用。其中，病毒整合酶抑制肽（VINIPs）是一类抗逆转录病毒肽，具有阻断整合酶蛋白作用的能力，而整合酶蛋白对逆转录病毒的复制至关重要。随着实验验证的生物活性肽的数量大幅增加，缺乏硅学机器学习方法可以有效预测具有整合酶抑制活性的肽。文章开发了第一个利用序列特征识别新型VINIPs的预测模型，并考虑采用混合特征集来提高预测能力。通过基于训练数据集的5倍交叉验证对其性能进行了评估，结果表明所提出的模型能够预测VINIPs，其敏感性为85.82%，特异性为88.81%，准确性为88.37%，平衡准确性为87.32%，马修斯相关系数值为0.64。最重要的是，该模型在独立测试中也一直提供有效的性能。文章提出了第一个用于识别和描述VINIPs的计算方法，这些VINIPs可以被认为是新型抗逆转录病毒治疗剂。
论文链接
https://academic.oup.com/bib/advance-article/doi/10.1093/bib/bbac406/6754756
