微信公众号生信星球
Linux系统软件安装
miniconda
1，软件下载器，多数软件都可搜到
引用自微信公众号生信星球
微信图片_20230111165613.jpgminiconda 下载到服务器上
1 wget 空格加 下载网址 #下载minicoda
代码语言：txt复制wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #enter2 查看是否下载了
代码语言：txt复制bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ ls
Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 3 安装
bash #命令处理器，执行要操作的命令
代码语言：txt复制bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shPlease, press ENTER to continue出现这个代码按enter
之后会出现more,是还有更多，让enter翻页的意思，持续按enter，第一个enter下来是空白行，不要担心继续往下按，直到出现
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
Please answer 'yes' or 'no':'输入yes，继续enter然后就是该enter就enter，该yes就yes
4 激活
.bashrc 是home目录下的一个shell文件，用于储存用户的个性化设置。
source FileName是指在当前bash环境下读取并执行FileName中的命令。
每次修改.bashrc后，使用以下命令就可以立刻加载修改后的设置，使之生效。source ~/.bashrc
所以说激活过程也就是使其生效的过程
代码语言：txt复制bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$命令行输入conda出现满屏的信息则证明成功
5添加镜像
为什么要添加镜像，
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
conda config #指conda的内核配置文件
--add channels xxxxx是指添加channels
代码语言：txt复制# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes #从channel中安装包时显示channel的url，这样就可以知道包的安装来源了6 开始使用conda
代码语言：txt复制(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda list #查看当前服务器上安装的所有软件列表安装软件
代码语言：txt复制(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda install fastqc -y是指conda 安装fastqc,-y是yes的意思过程中conda问的问题全部回答yes
默认安装最新版fastqc,也可以指定版本号
输入conda install fastqc=0.11.7 -y
确认fastqc是否安装成功
代码语言：txt复制(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ fastqc --help #查看fastqc的帮助文件，弹出很多证明安装成功卸载软件，输入
代码语言：txt复制conda remove fastqc -y7 conda分身
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda nvironment”。
- 先查看conda有哪些环境
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio02/miniconda3 #前面带*的就是默认的比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)
- 创建新环境 (base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 代码意思如上所示
- 再次查看conda环境
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio02/miniconda3
rna-seq /home/bio02/miniconda3/envs/rna-seq- 激活新的环境rna-seq
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base /home/bio02/miniconda3
rna-seq * /home/bio02/miniconda3/envs/rna-seq- 退出当前环境
(rna-seq) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda deactivate
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base /home/bio02/miniconda3
rna-seq /home/bio02/miniconda3/envs/rna-seq复习
1.pngday3总结
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