生信学习小组Day3笔记—Chocolate Ice

2023-01-12 12:58:57 浏览数 (1)

Linux的应用商店—CONDA

在Linux系统如何下载数据分析所需要的软件？答案：用conda。

conda最Linux系统方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可 ------微信公众号：生信星球

Anaconda>Miniconda>CondaAnaconda>Miniconda>Conda

Conda的下载

  1. Being/Google搜索“miniconda 清华” miniconda搜索界面miniconda搜索界面
  2. 进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/，可以看到linux下面有64位和32位两种版本 miniconda下载链接miniconda下载链接下载界面下载界面
  3. 进入linux查看服务器是多少位的：输入命令uname -a
  4. 按照服务器位数安装最新版本（Linux-x86_64/Linux-x86_32）
  5. 复制下载链接
  6. 登录服务器，建立并进入“biosoft”目录，输入命令：wget 刚才复制的下载链接
可以看到miniconda的脚本文件已下载到biosoft目录中可以看到miniconda的脚本文件已下载到biosoft目录中

注意： 【for Windows】 请记住这里的粘贴不是ctrl c和ctrl V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；

【for Mac】直接cmd c 复制，cmd v粘贴 补充说明： sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。undefined ------微信公众号：生信星球

Miniconda的安装

  1. 输入命令：bash Miniconda3-py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh
  2. 安装过程中跳出版权信息就按回车跳过，跳出【yes/no】就输入yes
  3. 跳出“Thank you for installing Miniconda3!”说明安装成功 安装成功！安装成功！可以看到此时home目录下多了“miniconda3”目录可以看到此时home目录下多了“miniconda3”目录
  4. 激活： 输入命令：source ~/ .bashrc来激活conda

如果不成功就将miniconda3这个目录删除，还记得删除文件夹怎么做吧？ 然后从“怎么安装miniconda”开始重来！！ 注意不要删除安装包哈(.sh文件)，要不还得浪费时间在下载上。 ------微信公众号：生信星球

使用Conda下载软件

  • 添加镜像：为了加快下载速度

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。conda也是舶来品，之前我们一直在用的国内镜像中科大和清华被列为无授权镜像，又经历了改用官方镜像的尴尬，但后来又传来了好消息，清华源重启 ------微信公众号：生信星球

复制并使用下列代码

代码语言：txt复制
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
  • 使用conda
    • 查看当前服务器上已安装的所有软件列表conda list
    • 安装软件conda install fastqc -y【-y 代表安装过程所有问题均回答yes】，安装默认最新版本，若要指定软件版本，可用conda install fastqc=0.11.7 -y
    • 确认fastqc软件安装成功：输入fastqc --help,若出现大片帮助文档，说明安装成功
    • 卸载软件：conda remove fastqc -y

Conda的环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？ --别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。------微信公众号：生物星球

  • 先查看当前的conda有哪些环境 conda info --envs (带*的表示默认环境)
  • 比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的) conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 完成后，会在~/miniconda3目录下新出现一个“envs”目录，存放着新安装的环境目录。
  • 创建完后，再次查看conda环境conda info --envs
  • 为了把环境转换到rna-seq，我们需要激活该conda环境 conda activate rna-seq image.pngimage.png
  • 若要退出该环境，运行conda deactivate,即可退回基础环境（base）
linux python bash

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