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说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。
本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。
R包来源及安装方法
1. CRAN网站
可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。
2. Bioconductor
里面多是跟生信相关的R包，通过BiocManager::install("pkg_name")来安装。
3. Github
部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上，便可通过其Github进行安装，通过devtools::install_github("用户名/pkg_name")安装。
代码语言：javascript复制# 综上
install.packages("pkg_name") # CRAN
BiocManager::install("pkg_name") # Bioconductor
devtools::install_github("用户名/pkg_name") # Github
如果你不知道你需要的包来源哪里，那就三个都试试呗！
举个栗子，如果我现在需要安装edgeR和limma
> install.packages('edgeR')
Installing package into ‘C:/Users/75256/Documents/R/win-library/4.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
package ‘edgeR’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
显示不太行，我们再试试Bioconductor
代码语言：javascript复制> BiocManager::install("edgeR")
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for
details
replacement repositories:
CRAN: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
Bioconductor version 3.12 (BiocManager 1.30.12), R 4.0.5 (2021-03-31)
Installing package(s) 'edgeR'
试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.12/bioc/bin/windows/contrib/4.0/edgeR_3.32.1.zip'
Content type 'application/zip' length 3371192 bytes (3.2 MB)
downloaded 3.2 MB
package ‘edgeR’ successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:Users75256AppDataLocalTempRtmpInt0Qfdownloaded_packages
Installation paths not writeable, unable to update packages
path: C:/Program Files/R/R-4.0.5/library
packages:
boot, class, cluster, KernSmooth, lattice, MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet, spatial,
survival
Old packages: 'BiocManager', 'bitops', 'blob', 'broom', 'cachem', 'cli', 'colorspace',
'cpp11', 'curl', 'dplyr', 'fansi', 'flextable', 'formatR', 'gargle', 'ggplotify',
'ggsignif', 'htmltools', 'htmlwidgets', 'isoband', 'knitr', 'maptools', 'matrixStats',
'mime', 'officer', 'openssl', 'paletteer', 'pillar', 'pkgload', 'plotrix', 'R6',
'RcppArmadillo', 'RCurl', 'remotes', 'rlang', 'rmarkdown', 'roxygen2', 'RSQLite',
'stringi', 'tibble', 'tinytex', 'utf8', 'XML'
Update all/some/none? [a/s/n]:
n
成功安装，同理我们发现limma也可以通过Bioconductor安装。
安装指定版本R包
复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。
1. devtools安装
代码语言：javascript复制install.packages('devtools')
library(devtools)
install_version("edgeR", version = "3.14.0",repos = "http://cran.us.r-project.org") # 可以不加repos
举个栗子，我现在要装Y叔的clusterProfiler，采用如下命令并报错
代码语言：javascript复制> BiocManager::install("clusterProfiler")
Bioconductor version 3.12 (BiocManager 1.30.16), R 4.0.3 (2020-10-10)
Installing package(s) 'clusterProfiler'
trying URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc//packages/3.12/bioc/src/contrib/clusterProfiler_3.18.1.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 2634922 bytes (2.5 MB)
==================================================
downloaded 2.5 MB
* installing *source* package ‘clusterProfiler’ ...
** using staged installation
** R
** data
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) :
object 'get_fun_from_pkg' not found
Error: unable to load R code in package ‘clusterProfiler’
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘clusterProfiler’
* removing ‘/home/data/xiaowang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0/clusterProfiler’
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpSczSko/downloaded_packages’
Installation paths not writeable, unable to update packages
path: /usr/local/lib/R/library
packages:
boot, class, cluster, codetools, foreign, KernSmooth, lattice, MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet, spatial, survival
Warning message:
In .inet_warning(msg) :
installation of package ‘clusterProfiler’ had non-zero exit status
仔细看，关键报错信息为
代码语言：javascript复制Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) :
object 'get_fun_from_pkg' not found
经过查询发现（参考资料2），clusterProfiler的依赖包rvcheck的版本太新，下载0.1.8的版本即可。
在装有devtools的基础上，我使用以下命令重新装了0.1.8版本的rvcheck后，顺利的安装了clusterProfiler。
代码语言：javascript复制install_version("rvcheck",version = "0.1.8")
需要注意的是devtools这个方法并不适用所有的R包。
2. 源码安装
在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/
代码语言：javascript复制packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/limma/limma_1.8.10.tar.gz" # 安装1.8.10版本的limma
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
3. CMD安装
这种方法需要依赖Rtools
代码语言：javascript复制wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/limma/limma_1.8.10.tar.gz
R CMD INSTALL limma_1.8.10.tar.gz
但其实，在实际操作时我发现能不能装上还得看是什么R包以及你的网络情况。
最后，对于安装软件，知道方法是基础，理解error信息更关键！
参考资料
- https://www.jianshu.com/p/163f77ecfcfb
- https://www.jianshu.com/p/71fab5764d3a
