生信课程note-1

2023-02-06 20:36:59 浏览数 (1)

class-1

一.R 数据+函数

大于号是命令提示符

sqrt是开方 sqrt(9)

abs是求绝对值abs(-3)=3

R语言中括号里前面的是函数。

ctrl enter是运行的快捷键。

#是解释说明的意思

文件保存的位置叫工作目录。working directory 即脚本,图片,文件的默认保存位置,也是文件读取的默认位置。

看报错只看最后一个冒号后面的

ctrl加 /-是放大或缩小rstudio界面

getwd()是获取工作目录所在位置

r语言中可能出现的问题:

1.warning啥也不是 语言里百分之99的warning是废话,剩下的百分之一会恶化(产生error,产生意外的结果,如导出的图没有结果)。

2.卡住,太长时间出现红色的键。然后重启,重启分三个等级:1.重启 session-restart 2.关闭rstudio,重新启动 3.重启电脑

3.出现 ,代表命令不完整,补全或按ESC键退出,如果不解决,会影响后续的进行。

4.出现提示信息,一片红色,检查是否有error,没有就可以忽略。

5.进一步选择,与计算机互动。必须要互动

二、数据类型和向量

2.1 数据类型

数据类型包括数值型如1,2、字符型(必须加引号如“a”,'m’单双引号都行)、逻辑型(TRUE即T,FALSE即F,NA意思是缺失值 存在但未知)

判断数据类型的函数:class(),将要判断的内容写在括号里

常见报错 :引号,拼写错误,大小写。>class(a) calss class(true) error:unexpected是代码错误的关键词 。

如何避免拼写错误:1.Tab键 打出前几个字母,即出现提示,摁上下键可翻动,摁tab键可自动补全。2.上下键:光标放在>后面,摁向上键,即可修改上一条命令重新运行。

逻辑型数据:比较运算的结果是逻辑值。如>,<,<=,>=,==,!=

==是判断是否相等,!=是判断是否不相等。如3==5 FALSE 3!=4 TRUE

逻辑运算 多个逻辑条件的连接:与&,或|,非!如3<5&4>5 FALSE 3<5|4>5 TRUE !(4>5) TRUE

2.2数值类型的判断和转换

is族函数,判断,返回值是TRUE或FALSE

is.numeric() 是否为数值型数据 is.numeric("a") FALSE

is.logical() 是否逻辑型数据

is.character() 是否字符型数据

as.numeric() 将其他数据类型转换为数值型 > as.numeric("4") 1 4

as.logical() 将其数据类型转换为逻辑型

as.character() 将其数据类型转换为字符型

多个数据如何组织:

数据结构包括4种:向量,数据框,矩阵,列表

数据框约等于表格,约在于之前所见的表格是一个文件,数据框要导出为文件才可以用其他软件打开。每一列只能有一种数据类型。

数据框单独拿出一列叫做向量,视作一个整体。一个向量只能由一种数据类型,可以有重复值。

打开文件乱码怎解决:file-reopen with encoding-UTF-8-ok

2.3向量的生成

(1)用c()逐一放到一起。

c(2,5,6,2,9) 结果 2 5 6 2 9

c("a","f","md","b") 结果 "a" "f" "md" "b"

(2)连续的数字用冒号“:”。

>1:5 1 2 3 4 5

(3)有重复的用rep(),有规律的序列用seq(),随机数用rnorm()。

rep("x",times=3) “x""x""x"

seq(from=3,to=21,by=3) 3 6 9 12 15 18 21stu

rnorm(n=3) 生成3个随机数 符合正态分布

(4)通过组合,产生更为复杂的向量。

paste0(rep("x",times=3),1:3) x1 x2 x3

注意:

sort(xx<10) 先取子集

sort(x)x<10 先排序 相当于y=sort(x) yx<0 后一个y与x不对应 所以结果是不正确的

先取子集再sort还是先sort再取子集

运行顺序:有嵌套则先里后外,无嵌套则先左后右

生成1 3 5 7 9和2 4 6 8 10的方法分别是:

(1:10)c(T,F)和(1:10)c(F,T)

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