linux环境下的软件安装
下载miniconda到服务器
- step 1：查看服务器位数uname -awget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #复制的链接 # wget 是Linux用于从web上下载的命令，支持通过 HTTP、HTTPS、FTP协议下载
- step 2: 进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/，复制相应下载链接
- step 3：登录服务器，进入目录
cd - step 4：下载到服务器
安装miniconda
- 安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#版权信息Enter跳过
#成功标志：Thank you for installing Miniconda3!- 激活source ~/.bashrc conda #验证是否激活成功，可见到满屏信息
添加镜像
代码语言：txt复制# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes代码来源生物星球
使用conda
- 查看软件列表
conda list - 安装软件（以安装fastqc为例）
conda install fastqc -y #-y表示yesyes
conda install fastqc=0.11.7 -y #指定版本下载，默认是最新版- 验证是否安装成功
fastqc --help #成功即出现大片文字（实际为帮助文档）- 卸载软件
conda remove fastqc -y
