生信入门课DAY5--向逸一

2023-02-10 10:10:56 浏览数 (1)
  1. 显示工作路径 getwd()
  2. 向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。

向量

①赋值

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x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。xx<- 1:10 #从1-10之间所有的整数x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次x

②提取元素

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#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
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x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

数据框(即常说的表格）

（补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况）

①读取本地数据

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Usage
read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = ""'",
           dec = ".", numerals = c("allow.loss", "warn.loss", "no.loss"),
           row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors,
           na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1,
           skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip,
           strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE,
           comment.char = "#",
           allowEscapes = FALSE, flush = FALSE,
           stringsAsFactors = default.stringsAsFactors(),
           fileEncoding = "", encoding = "unknown", text, skipNul = FALSE)
read.csv(file, header = TRUE, sep = ",", quote = """,
         dec = ".", fill = TRUE, comment.char = "", ...)

read.csv2(file, header = TRUE, sep = ";", quote = """,
          dec = ",", fill = TRUE, comment.char = "", ...)

read.delim(file, header = TRUE, sep = "t", quote = """,
           dec = ".", fill = TRUE, comment.char = "", ...)

read.delim2(file, header = TRUE, sep = "t", quote = """,
            dec = ",", fill = TRUE, comment.char = "", ...)
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eg.read.table(file="",sep="t",header=T)

②设置行名和列名

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X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "	",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

③数据框的导出

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write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

④变量的保存与重新加载

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save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

⑤提取元素

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- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）

作业：

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save(X,file="test.RData")
##这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？

①大小写问题，更改大小写

②是否赋值给X，赋值对象可能出错，重新赋值一次

表格

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