前面我们系统性梳理了各种器官的上皮细胞的细分亚群，以及其对应的标记基因列表：
- 乳腺上皮细胞单细胞亚群
- 肝上皮细胞单细胞亚群
- 肺上皮细胞单细胞亚群
- 结直肠上皮细胞单细胞亚群
- 胃上皮细胞单细胞亚群
- 肾上皮细胞单细胞亚群
但是这些亚群其实还可以有层级结构，以呼吸道上皮各个单细胞亚群的层级结构为例：
这次我们说的呼吸道上皮，主要是肺泡和支气管上皮谱系，因为数据集来源于肺癌的单细胞文章：《Regenerative lineages and immune-mediated pruning in lung cancer metastasis》，是17个组织的4万多个单细胞数据：
- 正常肺组织(n = 4)、
- 原发性肺腺癌(未治疗者7例）
- 新辅助化疗后1例，肺腺癌脑转移n =3，肺腺癌骨转移n =1，肺腺癌肾上腺转移n =1）
主要的上皮单细胞亚群是：
- Ⅰ型肺泡上皮（alveolar epithelial cell types 1，AEC1）、
- Ⅱ型肺泡上皮（AEC2）、
- 上呼吸道的纤毛细胞（ciliated cells）
- club 细胞
- Secretory 细胞
- basal-like cells
- AEP（肺泡上皮祖细胞）
- NE（神经内分泌细胞）
可以看到如下所示的呼吸道上皮各个单细胞亚群的层级结构：
单细胞亚群的层级结构
而且各个单细胞亚群的各自的高表达量基因也给出来了：
各个单细胞亚群的各自的高表达量基因
这样的话，很方便拿这些基因去自己的数据里面的检测看看：
代码语言：javascript复制cg=c('SFTPB ','SFTPC ','SFTPD ','LAMP3',
'SLC34A2','ABCA3','AQP3','PDPN','HOPX',
'AGER','CAV1','SEMA3B','SCGB1A1','SCGB3A1','SCGB3A2',
'CYP2F1','FOXJ1','CETN2','TEKT1','CCDC78',
'KRT14','APOE','EMP3','APOC1','CD44','UCHL1','ASCL1',
'CALCA','TM4SF1','MUC5B','LRP5','SOX2','SOX9','ID2' )
library(ggplot2)
library(stringr)
genes_to_check = lapply(cg, str_to_upper)
p_all_markers=DotPlot(sce ,
features = unlist(genes_to_check),
scale = T,assay='RNA' )
theme(axis.text.x=element_text(angle=45,hjust = 1))
p_all_markers
ggsave('check_GSE123904_lung_epi_markers.pdf' )
但是我个人的时间精力确实是有限，不可能在每个生物学细分领域都精通，所以也是整理了一个大概，大家可以粗浅的参考，更深入的细分各个器官组织的上皮单细胞亚群其实就需要认真看各种文献和综述。
