STAR 天下武功唯快不破，STAR就是这样一个神器，人家mapping几个小时，STAR只要15分钟~~~~
干货的流程
安装
如果你按照下面的教程已经获得了一台云服务器，那么按照如下操作进行。10元转录组分析：这次真的是干货了~灰常干 cd ~/binhttps://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gztar -xzf 2.5.3a.tar.gzcd STAR-2.5.3aln -s ~/bin/STAR-2.5.3a/bin/Linux_x86_64/STAR ~/bin/STAR
建立Index
按照上面的方法，就可以在云服务器中使用STAR了此时你需要建立好indexindex是干嘛的？记住这个是你mapping前很重要的东西一定要建立好，不然后面都白弄。其他的自行百度google。index建立前你需要下载两个文件：GTF和基因组fa文件GTF下载地址在 ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_human/release_27/gencode.v27.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz 基因组fa文件用下面网站方法获得hg38.fahttps://github.com/simonvh/genomepy 先下载到自己电脑上，再用FileZilla上传到服务器或者用服务器下载，在传到自己电脑上。以后留着R语言注释用这个时候把云服务器的配置调高，内存32G以上就行。 cd到你想要保存的位置，建立index，下面是命令 nohup STAR --runMode genomeGenerate --runThreadN 24 --genomeDir hg38_star_v27c_index --genomeFastaFiles hg38.fa --sjdbGTFfile hg38_v27.gtf & runThreadN 后面的数字填云服务器cpu核数x2genomeDir 自己命名nohup····&命令挂起用的上面那个命令，是所有文件都在一个文件中的命令如果不在一个文件，在文件前面加上相应前缀。
Mapping
准备好你的fastq文件，虽然STAR有直接解压gz文件的选项，但是不建议，最好解压好你的fastq以后在运行，这样意外会少一些。以双端测序为例，你应该有两个文件A_1.fq A_2.fq，然后Mapping 下面是命令 nohup STAR --genomeDir hg38_star_v27c_index --runThreadN 24 --readFilesIn /root/files/A_1.fq /root/files/A_2.clean.fq --outFileNamePrefix ~/files//Results/A --outSAMtype BAM Unsorted SortedByCoordinate --quantMode GeneCounts & 然后，静静等待~~~大概15~20分钟以后得到的AReadsPerGene.out.tab文件下载到自己电脑上。用文本编辑器打开看看，这就是原始文件。用自己电脑上的R进行后续分析就好了这个时候一定要注意云服务器配置调最低档，这样省钱如果不需要了，你可以制备好镜像，销毁现有的，下次在恢复。未完待续
教程慢慢来，这个只是干货的开始~~好戏还在后面
