2023年1月31日，南京农业大学作物遗传与种质创新利用全国重点实验室梨创新团队在著名期刊Molecular Plant在线发表了题为“A large-scale proteogenomic atlas of pear”的论文。该研究是蔷薇科多年生仁果类果树蛋白组图谱的首次系统报道，为梨生物学研究提供了大量有价值的数据资源，并为其他果树和非模式植物蛋白基因组研究提供了新范例。
此项研究的转录组和蛋白组数据已存储于国家基因库生命大数据平台（CNGBdb），项目编号为：CNP0003413。
db.cngb.org/search/project/CNP0003413/
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梨是重要的蔷薇科多年生木本果树，广泛栽培于世界各地。我国梨面积和产量均约占全球70%，是第一大梨生产国。近年来，随着高通量测序技术的发展，多份梨种质资源的基因组信息纷纷公布。这对于揭示梨基因组结构、染色体进化、遗传变异和驯化等具有重要意义，也为深入挖掘梨重要农艺性状关键基因助力品种改良提供了条件。然而，由于目前生物信息学工具的局限性，与大多数物种一样，梨基因组注释还不完善。同时，仅有DNA序列数据不足以深入了解其生长发育的动态特征以及与环境互作的特性。蛋白质是生命活动的直接参与者，近年来蛋白基因组学（Proteogenomics）的发展为完善物种基因组提供了新策略。因此，开展梨蛋白基因组研究将为深入理解梨物种特征及其动态发育奠定基础。
本次研究首次公布了梨24个主要组织器官的蛋白质组定量图谱，共检测到17953个蛋白，基于4294个新编码事件改进了梨基因组信息，通过基因调节网络探索了重要基因之间的联系，鉴定到花柱中调节花粉管生长的5个新多肽，提出梨石细胞性状形成的受体激酶翻译后修饰新路径。基于整合蛋白组和转录组数据，开发了PearEXP数据库（http://www.peardb.org.cn），实现梨转录和蛋白表达谱、新编码事件的交互式查询。
示意图
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南京农业大学王鹏副教授、吴潇钟山青年研究员和浙江省农业科学院施泽彬研究员为该论文的共同第一作者，南京农业大学张绍铃教授和吴巨友教授为该论文的共同通讯作者。深圳迪谱生物科技有限公司许少行、周宝津参与了本项目数据分析。西北大学边阳阳教授对本研究提供了重要指导。南京农业大学陶书田教授、谷超教授、殷豪副教授、乔鑫副教授、顾婷婷副教授等多位师生也参与了部分工作。该工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、江苏省种业振兴计划等项目资助。
