数据库地址：https://immucanscdb.vital-it.ch
单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展大大促进了对肿瘤微环境（TME）的破译。大量独立的scRNA-seq研究已经发表，代表了一种宝贵的资源，为Meta分析研究提供了机会。然而，大量的生物信息、研究之间明显的异质性和变异性，以及处理异质数据集的技术挑战为充分开发scRNA-seq数据带来了重大瓶颈。作者开发了IMMUcan scDB（https://immucanscdb.vital-it.ch），这是一个完全集成的scRNA-seq数据库，专门用于人类癌症，非专业人士也可使用。IMMUcan scDB包含了56种不同癌症类型的144个数据集，在50个领域进行了注释，包含精确的临床、技术和生物学信息。开发了一个数据处理管道，并分四个步骤组织。(i) 数据收集；(ii) 数据处理（质量控制和样本整合）；(iii) 用TME的细胞本体分类器进行监督细胞注释；(iv) 以特定癌症类型或全球方式分析TME的接口。这个框架被用来以基因为中心（CXCL13）和以细胞为中心（B细胞）的方式探索不同肿瘤位置的数据集，以及进行元分析研究，如对免疫细胞类型和与恶性肿瘤转化相关的基因进行排序。这种综合的、可自由访问的、用户友好的资源代表了一种前所未有的详细注释水平，为下游利用人类癌症scRNA-seq数据进行发现和验证研究提供了巨大的可能性。
