感谢前辈 很多时候翻翻生信技能树的帖子就能找到答案，比如下面的这个关于链特异性建库的讲解很详尽，今天翻出来给大家分享一下。
下面的内容参考于简书：https://www.jianshu.com/p/a63595a41bed
ps感谢小站的小伙伴迅子提供相关资料。
搞清楚是否为链特异性建库重要吗？
小站一直关注转录组原始数据的分析。原始数据下载的时候，有的会写清楚是否为链特异性建库，而很多时候是不写的，那么这个对于分析来说重要吗？具体讲清楚什么是链特异性建库这个事，实在是太难，大家可以去看那简书的内容。如果看完简书内容还是晕的话，那么听站长粗略的解释一下。你可以把链特异性建库看作是更高级的建库方法，所以1、如果自己做测序一定要问清楚是否为链特异性建库，是哪种？因为非链特异性建库方法便宜，小小被坑。2、如果研究的是编码基因，看一个表达量变化，用非链特异性建库省点钱也是可以的。3、如果做的是lncRNA，环状RNA，那么一定要做链特异性建库测序。miRNA的建库方法本身就是链特异性的。那么从公共数据库下载的数据，如果不是链特异性的就不能分析lncRNA和环状RNA了吗？这个问题可能是大家最关心的。对于这个问题，下面是站长的答案，仅供参考！仅供参考！仅供参考！。本来原始数据就少，能分析就分析吧，所有分析出来的基因，肯定逃不过验证这一步。如果原始数据是链特异性建库，分析时候参数正确，在验证时候候选差异基因正确的概率更高一些。如果原始数据是非链特异性建库，候选基因在验证时候正确的概率稍低一些。但是只要经过生化试验验证，证据充分，其实跟是啥方法建库没啥关系。这也是，为什么纯生信文章不好发表的原因之一。一切证据还得有生化试验支持才算数。当然这只是从基因表达量的方面考虑，如果研究转录后修饰什么的，千万别这么搞哈~
公共数据怎么识别是不是链特异性建库
根据https://www.jianshu.com/p/a63595a41bed中提供的IGV方法，站长做了一个视频 视频背景音乐：来自于奥戸巴寿的《いつも何度でも》视频中第二行样本是非链特异性测序，第三行样本是dUTP链特异性测序如下图
结合小站之前的教程这一步应该插在STAR Mapping之后从零到壹:10元~Mapping神器STAR的安装及用随便选一个样本，在样本文件夹里找到bam文件，然后用samtools index建立baibam与bai要在一个目录下，载入到IGV软件中，就是视频那个样子啦。位置信息是chr12:123,406,542-123,416,558首先看是不是链特异性,右键选color alignments by first-of-pair strand如视频那样，红蓝分布，就是链特异性再看是什么样的链特异性在链特异性那个样本右键选color alignments by read strand鼠标放在红或者蓝的read上，看信息。显示first of pair那个read的箭头方向与基因的方向相反，这就提示是dUTP建库的方法。知道这些有啥用呢？在STAR运行结束后的ReadsPerGene.out.tab文件中非链特异性的要选第二列那个数而dUTP链特异性建库要选第四列那个数所以批量处理counts数教程中"站长，Mapping之后counts怎么合并成一个表？"df.use <- data.frame(v1 = df.read 这句代码中V4就是第四列，选择这个是针对dUTP链特异性建库测序的，如果是非链特异性建库图中那个位置应该改成V2就可以啦~~
