基因功能 基因是连接课题的关键点,而基因功能则是将点连接起来的纽带,发现并验证基因的功能是整个文章的基础。
传统的
研究基因功能的方法
从文章阅读中获取已知基因的功能
这个是最直接方式,只费脑,取决于网速和阅读文献的速度通过如果想了解一个已知基因的功能,在搜集文献的过程中你已经能够大概了解到这个基因的功能了。如果这个基因是一个刚刚被证实存在的基因或者新发现的基因,功能尚未被研究下面的方法是最常用到的~~
从基因到表型:Gain/Loss function Assay
简单来说就是,在某个生物学过程中,或者某个状态下将基因的的量上调,或者下调之后去看,模型(细胞、动物)表型的变化与对照相比, 得到可量化的数值, 经过统计学方法得到,基因的改变与表型的关系。上调和下调的方法现在有很多了就不一一列举了,最简单的就是过表达(overexpression,OE)或者敲降(knockdown,KD)而对于上述两者最关键的材料就是质粒,可以自己构建,可以购买,也可以满世界“乞讨”。得到质粒后,就去转染,然后做一些表型实验什么的。通过表型实验结果,你可以判断是什么功能,接着推测有什么通路用OE或KD后的样本,去蒙一下~~只能蒙一下,合引物买抗体砸一下。
从表型到基因:用Knockdown(shRNA)或者Knochout(sgRNA)库筛选
在某个抑制的生物学过程中加入shRNA/sgRNA库进行筛选,而后结合测序分析出关键基因。具体解释起来有点复杂,简单一点说,不断去重复过滤掉不重要的那些基因,剩下的就是关键的。下面列两篇文献大家可以阅读一下shRNA库筛选:doi.org/10.1016/j.cell.2017.11.023sgRNA库筛选: doi.org/10.1073/pnas.1801340115优点:特异性很强,得到那些基因在这个过程一定是非常非常重要的,缺点:太贵了!这个库都是几万的基因的shRNA或者sgRNA~还得测序分析什么的反正,不是一般小土豪能做得起的~
非传统
寻找基因功能的方法
非传统仅仅是为了跟