“站长,怎么注释基因名字啊?”

2023-03-02 16:02:19 浏览数 (1)

ID转换 很多时候你得到的是GENCODE的ID,比如ENSGxxx之类的,怎样转换成gene symbol呢?往下看

一般的教程是这样的

R语言环境下library("AnnotationDbi")library("org.Hs.eg.db")columns(org.Hs.eg.db) #看一下都有什么res

DIY的教程是这样的

上面那个教程可以应对一般情况,比如对新注释的要版本求也不那么高,知道是什么基因就好了。那么有些特殊要求怎么办比如我想看看非编码,想看看最新的注释结果?“少废话,来干货~”首先去下载你要的最新的GTF文件,这个在建立index的时候就用到了,这里强烈建议,用什么建立的index,就用什么去注释你的基因。下载完之后,将GTF拷贝到R语言工作环境biocLite("rtracklayer")library("rtracklayer")myGTF <- "Your_download_GTF_name.gtf"newGTF <- import(myGTF)a<-cbind(newGTFgene_type)colnames(a)<-c("geneid","genename","genetype")res GTF那里你可以DIY,比如有专门的lncRNA的注释文件等等merge之后会有重复,下面的是去除重复的方法

小站星球介绍

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