质控 算是补充前面的课程,下别人的数据质控还是要做的~
Talk Less,Show Dry-Goods
安装
你需要准备的软件Fastqc与cutadapter安装方法:加入星球的或者购买镜像的conda install fastqcconda install cutadapter
干货教程~Fastqc
Mac下弹出来的Java界面再友好不过了open 你的file,等待结果就好了注意这里file可以是fq,也可以是压缩的gzLinux下需要下面的命令fastqc xxx.fq.gz -o ~/flies由于输出的html,站长劝大家,用filezilla下载到本地看吧至于结果的解读推荐这个https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723常见的问题就是在Per base sequence content里面发现前面有几个bp没有去掉因此杂乱
所以你需要下面这个软件~~
干货教程~Cutadaper
这是个python编译的软件mac与linux下均可按照下面的操作cutadapt -u 10 -o cut_xxx.fq.gz xxx.fa.gz上面的10是从5‘端数需要去掉碱基的个数,如果从3’端去掉要加负号去掉之后在 用fastqc跑一下看看是不是之前的✘✘✘✘✘少了呢有关这个软件的解读推荐,大家看看下面http://genome.annoroad.com/News/Industry/469.html
这可能是你们最关心的事
站长昨天说的那篇BBRC已经online了而且,这可能是微信公众号博主第一次出现在SCI文章致谢中BBRC虽然仅仅是3区的小杂志,但因为审稿速度极快解救了大批晋职称、求毕业的临床医生所以,是懂你们的Chris系列课程来了下面就是介绍啦~
懂你们的课程在这里
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教程主讲人介绍
就是站长本人啦Chris Lou,医学专业硕士不知名的大学毕业,现就职一家医院,苦逼规培中····硕士阶段有幸得到了比较完整的魔鬼式的科研训练发表SCI论文9篇,以第一作者发表SCI论文三篇,单篇最高11.75年国自然设计与撰写经验,国自然面上中标2项,青年1项,省级课题中标5项。