生信干货~测序文件还是应该质控的

2023-03-02 16:13:26 浏览数 (2)

质控 算是补充前面的课程,下别人的数据质控还是要做的~

Talk Less,Show Dry-Goods

安装

你需要准备的软件Fastqc与cutadapter安装方法:加入星球的或者购买镜像的conda install fastqcconda install cutadapter

干货教程~Fastqc

Mac下弹出来的Java界面再友好不过了open 你的file,等待结果就好了注意这里file可以是fq,也可以是压缩的gzLinux下需要下面的命令fastqc xxx.fq.gz -o ~/flies由于输出的html,站长劝大家,用filezilla下载到本地看吧至于结果的解读推荐这个https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723常见的问题就是在Per base sequence content里面发现前面有几个bp没有去掉因此杂乱

所以你需要下面这个软件~~

干货教程~Cutadaper

这是个python编译的软件mac与linux下均可按照下面的操作cutadapt -u 10 -o cut_xxx.fq.gz xxx.fa.gz上面的10是从5‘端数需要去掉碱基的个数,如果从3’端去掉要加负号去掉之后在 用fastqc跑一下看看是不是之前的✘✘✘✘✘少了呢有关这个软件的解读推荐,大家看看下面http://genome.annoroad.com/News/Industry/469.html

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