简单的向量作图
代码语言：javascript复制k1=rnorm(12);k1
k2=rep(c("a","b","c","d"),each=3);k2
plot(k1)
boxplot(k1~k2)each和times的区别是times输出的是abcdabcdabcd，each输出的是aaabbbcccddd
数据框、矩阵和列表
向量是一维的
matrix矩阵是二维的，只允许一种数据类型
data.frame数据框是二维的，每列只允许一种数据类型
list列表可装万物
不清楚时可以用class或is族函数确认
数据框来源
（1）用代码新建
代码语言：javascript复制df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4),
change = rep(c("up","down"),each = 2),
score = c(5,3,-2,-4))（2）由已有数据转换或处理得到
（3）读取表格文件
代码语言：javascript复制df2 <- read.csv("gene.csv")（4）R语言内置数据(例如iris、volcano)
代码语言：javascript复制iris
volcano
letters
LETTERS
#前十三位letters[1:13]
whitch(letters==M)
数据框属性
代码语言：javascript复制#查看行列
dim(df1)
#查看列
nrow(df1)
#查看行
ncol(df1)
#查看列的名字
rownames(df1)
#查看行的名字
colnames(df1)数据框取子集
代码语言：javascript复制df1$gene
mean(df1$score)
# 按坐标
df1[2,2]
df1[2,]
df1[,2]
df1[c(1,3),1:2]#中括号里的逗号，表示维度的分割
# 按名字
df1[,"gene"]
df1[，c('gene','change')]
# 按条件（逻辑值）
df1[df1$score>0,]代码思维
代码语言：javascript复制#取数据框的最后一列？
df1[,3]
df1[,ncol(df1)]
#取数据框除了最后一列以外的其他列？
df1[,-ncol(df1)]
#筛选score > 0的基因
df1[df1$score > 0,1]#只需要第一列
df1$gene[df1$score > 0]用于取子集的逻辑值向量不必须由x生成，与x对应即可
数据框修改
代码语言：javascript复制#改一个格
df1[3,3] <- 5
#改一整列
df1$score <- c(12,23,50,2)
#增加一列
df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05)
#改行名和列名
rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4")
#只修改某一行/列的名
colnames(df1)[2] <- "CHANGE"两个数据框的连接
代码语言：javascript复制test1 <- data.frame(name = c('jimmy','nicker','Damon','Sophie'),
blood_type = c("A","B","O","AB"))
test1
test2 <- data.frame(name = c('Damon','jimmy','nicker','tony'),
group = c("group1","group1","group2","group2"),
vision = c(4.2,4.3,4.9,4.5))
test2
test3 <- data.frame(NAME = c('Damon','jimmy','nicker','tony'),
weight = c(140,145,110,138))
test3
merge(test1,test2,by="name")
merge(test1,test3,by.x = "name",by.y = "NAME")
矩阵和列表
代码语言：javascript复制m <- matrix(1:9, nrow = 3)
colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名
pheatmap::pheatmap(m)
#形成一一对应的关系
pheatmap::pheatmap(m,cluster_rows = F,cluster_cols = F)
m[2,]
m[,1]
m[2,3]
m[2:3,1:2]
#矩阵的转换
t(m)
#转换为数据框，没有赋值就没有变
as.data.frame(m)
#列表
l <- list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3),
m2 = matrix(2:9, nrow = 2)
l[[2]]
l$m1删除
代码语言：javascript复制#删除一个
rm(l)
#删除多个
rm(df1,df2)
#删除全部
rm(list = ls())
#清空控制台
ctrl l
#也可以选择environment右上角的小扫帚 元素的名称
代码语言：javascript复制scores = c(100,59,73,95,45)
names(scores) = c("jimmy","nicker","Damon","Sophie","tony")
scores
scores["jimmy"]
scores[c("jimmy","nicker")]
names(scores)[scores>60]矩阵和向量不支持$
