作者，Evil Genius
周二了， 世界杯占用了一些时间，近期的工作由于疫情的影响几乎没有什么强度，但是呢，我这样的人只是知识的传播者，拥有科研数据需要发文章的研究者才是知识的创造者，更值得大家学习。
今天我们来讨论一个问题，关于空间转录组做到单细胞精度的问题。
关于空间转录组的精度问题， 已经是一个非常棘手的问题
常见的10X空间平台精度是55um，华大和百迈客的国产平台都是很高的精度，达到2.5um，
那么我们通常讲空间转录组达到单细胞精度具体是多少呢？看下一张图
我们都知道10X单细胞平台的细胞直径要求是5 ~ 40um，人类的精子细胞头部大概是5um，而通常的哺乳动物的细胞分布在10 ~ 20um之间，但也有一些非常大的细胞，比如卵细胞，肌肉细胞，神经细胞等等，所以这些大的细胞做单细胞分析一般需要抽核处理，但是空间转录组而言，一般我们都做的实体组织，基本上所有的细胞都分布在10 ~ 20um之间，那通常所要求的空间转录组达到单细胞精度就在这个范围。
我们找一篇文献作为例证：在文章Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver by single-cell spatiotemporal transcriptomics中，有这样一段描述。
to validate the spatial relationship at nearly single-cell resolution, we analyzed the mouse E13.5 FL ST data based on Stereo-seq(华大平台), which is a sequencing-based spatially resolved transcriptomic technology with subcellular resolution. We defined 20 bins as a spot (10–15 μm in diameter), which may include 1–3 cell(s), and then annotated the spots
这里面提供了一个很重要的信息，在华大平台上，20bin（10-15um）基本上达到了单细胞的精度，那么高精度的优势是什么？
可见适当的范围内精度越高，越能体现空间位置上的精细结构。
但是国产平台为了能够对空间转录组进行有效分析，采用了以下的策略。
刚才说了，直径10~15um基本上达到了单细胞的精度，按照这个表格，也就是在level 2到3的水平。但是分析上确实存在很大的难题，因为空间转录组如果达到单细胞的精度，基因数却还是无法跟单细胞技术相比，目前国产平台无法大规模推开，分析难度上是最大的问题。
10Xgenomics也在空间转录组上进行单细胞精度的尝试，在最近的文章中，High resolution mapping of the breast cancer tumor microenvironment using integrated single cell, spatial and in situ analysis of FFPE tissue中，首先针对FFPE的样本进行空间单细胞精度的尝试。
