- Date : [[2022-09-20]]
- 参考：Frontiers | Single-cell transcriptome analysis reveals T-cell exhaustion in denosumab-treated giant cell tumor of bone[1]
比较用药前后单细胞样本差异比较简单的分析思路。
对接受DMAB 治疗前后的的病人的大骨细胞瘤进行单细胞测序（giant cell tumor of bone），最终包括The merged dataset included 13,857 cells and 20,438 。
1-细胞注释及标记肿瘤细胞
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使用inferCNV 进一步确定肿瘤细胞。
2-DMAB 治疗与CD8 LAG3 T 细胞相关
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通过marker 基因标记亚群，并比较CD8 细胞治疗前后两个基因集得分。
比较治疗前后，发现CD8 T cells (CD8 LAG3 ) 丰度提升。
3-拟时序与通讯
CD8 T cells in the No DMAB sample only occupied branch one (cell fate 1), whereas CD8 T cells in the DMAB sample covered the entire trajectory
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发现CD8T 的分化轨迹从激活走向耗竭。
细胞通讯看和不同细胞作用CD8 各亚型情况：
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To determine the mechanism that induces CD8 T cell exhaustion, we used CellChat for cell communication analysis. The analysis showed that DMAB treatment enhanced multiple exhaustion-related pathways, including PVR–TIGIT, PDCD1LG2-PDCD1, LGALS9-HAVCR2, IL10-IL10R and CD86-CTLA4, in various cell populations (Figure 3C). Intriguingly, TAMs targeted the exhausted subpopulation with the highest communication probability in the DMAB sample, suggesting that TAMs may contribute to the exhaustion of CD8 T cells after DMAB treatment.
通过细胞通讯分析，发现在药物组别，TAM 细胞与CD8 耗竭类细胞的通讯最为频繁。
4-髓系细胞变化
通过基因集和marker 基因的方式，对髓系细胞细分亚群：
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并且比较治疗前后，也发现巨噬细胞存在显著差别。
发现抗炎及M2 极化在用药组显著升高：
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发现用药后，肿瘤细胞对TAMs 通过POSTN pathway (POSTN-ITGAV/ITGB5) 作用显著上升，且免疫印迹显示用药后POSTN 蛋白高表达。
5-POSTN 的表达与用药后的复发相关
发现转录因子相关蛋白用药后显著高表达，通过chip 分析，发现c-FOS 在postn 的增强子位置富集
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发现POSTN 蛋白水平在DMAB 用药复发后患者样本中显著上升。
随记
耗竭态定位，且关注的是T细胞，那就看哪些细胞影响耗竭态过程，定位影响的细胞，再看影响的细胞受到何种细胞影响最为显著。
参考资料
[1]
Frontiers | Single-cell transcriptome analysis reveals T-cell exhaustion in denosumab-treated giant cell tumor of bone: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2022.934078/full
