绝大部分小伙伴不太可能去学习Java这个编程语言，但确实有很多生物信息学工具是基于Java开发的，比如broad研究所的IGV就是如此，再比如很多R包比如mailR就需要你电脑有完整的Java环境。
但是如果你电脑缺Java环境，你第一时间去搜索解决方案的时候，往往会有一个疑问：Java软件相关运行环境到底是jdk还是jre：
- Jre 是java runtime environment, 是java程序的运行环境。
- Jdk 是java development kit，是java的开发工具包，里面包含了各种类库和工具。
因为Java自己的各种商业版权问题， 大家很容易看到了是1.8版本，比如 https://www.java.com/zh-CN/download/ 看到的就是 Version 8，如果你安装了它，可以看到：
代码语言：javascript复制% java -version
java version "1.8.0_351"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_351-b10)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.351-b10, mixed mode)
但是这个jre大概率不太可能完全解决问题，所以我们仍然是需要安装 jdk，选择自己的版本，安装后可以看到；
代码语言：javascript复制 ~ % java -version
java version "19.0.1" 2022-10-18
Java(TM) SE Runtime Environment (build 19.0.1 10-21)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 19.0.1 10-21, mixed mode, sharing)
主要是你安装了jdk后就有 JAVA_HOME，就是jdk的默认安装路径啦，在Windows和mac操作系统的路径不一样：
代码语言：javascript复制library(mailR)
Sys.getenv("JAVA_HOME")
dir=system.file("java",package ="mailR");dir
list.files(dir)
list.files(Sys.getenv("JAVA_HOME"))
# ls -lh /Library/Java/
Sys.setenv(JAVA_HOME="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-19.jdk/Contents/Home")
list.files(Sys.getenv("JAVA_HOME"))
