0. 前言
❝Rstudio既支持R又能支持Python，同时Rstudio的服务器版本也可以直接使用Linux。对于生物信息工作者来说，Rstudio是一个非常不错的集成开发环境。 所以本期就来介绍一下如何在Rstudio中使用Python。 ❞
1. 软件安装
依次安装Anaconda/Python、R、Rstudio。
安装方法点击下方蓝色字体即可跳转到相关教程。
Anaconda：https://www.anaconda.com/（此处请留意安装路径）
R：https://www.r-project.org/
Rstudio：https://posit.co/
2. Rstudio配置Python环境
2.1 安装加载reticulate包
代码语言：javascript复制# 安装包
install.packages("reticulate")
# 加载包
library(reticulate)
2.2 配置Python环境
reticulate安装时会推荐安装Miniconda和Python，但是不方便管理。在这里更推荐使用前面下载的Anaconda。
使用use_python()指定python版本。
use_python("D:/anaconda/python.exe")
2.3 检查配置情况
重启Rstudio，输入reticulate::py_config()查看配置路径；
当返回结果的路径和上一步配置路径一致时说明配置成功。
# 检查配置情况
reticulate::py_config()
# 返回结果
python: D:/anaconda/python.exe
libpython: D:/anaconda/python39.dll
pythonhome: D:/anaconda
version: 3.9.13 (main, Aug 25 2022, 23:51:50) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)]
Architecture: 64bit
numpy: D:/anaconda/Lib/site-packages/numpy
numpy_version: 1.21.5
NOTE: Python version was forced by use_python function
2.4 Rstudio中使用Python
在命令行输入reticulate::repl_python()进行切换环境；
当>变成>>>说明成功切换到Python运行环境。
> reticulate::repl_python()
Python 3.9.13 (D:/anaconda/python.exe)
Reticulate 1.26 REPL -- A Python interpreter in R.
Enter 'exit' or 'quit' to exit the REPL and return to R.
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