大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。
利用perl一键生成符合在线LEFse差异分析的Table表
LEfSe分析的在线 本地运行的详细教程参考刘尧博客
基于Picrust2进行宏基因预测后，我们往往需要对数据进行可视化话，其中LEFse就是非常不错的选择,这里通过perl实现对表的格式化。 LEFse –Galaxy平台：http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy
代码语言：javascript复制use strict;
use warnings;
my $mapFile=$ARGV[0];
my $tableFile=$ARGV[1];
my %mapHash=();
open(MAP,"$mapFile")or die $!;
while(my $line=<MAP>)
{
chomp($line);
my @arr=split(/s /,$line);
$mapHash{
$arr[0]}=$arr[3];
}
close(MAP);
my %hash=();
my @samples=();
my %sumHash=();
open(RF,"$tableFile") or die $!;
while(my $line=<RF>)
{
next if($.==1);
my @arr=split(/t/,$line);
if($.==2)
{
@samples=@arr;
next;
}
my $taxonomy=$arr[$#arr];
$taxonomy=~s/;/|/g;
$taxonomy=~s/(k|p|c|o|f|g|s)__//g;
$taxonomy=~s/s |[|]//g;
$taxonomy=~s/|*$//g;
my @taxoArr=split(/|/,$taxonomy);
my $taxSetp="";
for(my $tax=0;$tax<=$#taxoArr;$tax )
{
if($tax==0)
{
$taxSetp=$taxoArr[$tax];
}
else
{
$taxSetp=$taxSetp . "|" . $taxoArr[$tax];
}
for(my $i=1;$i<$#samples;$i )
{
${
$hash{
$taxSetp}}{
$samples[$i]} =$arr[$i];
}
}
for(my $i=1;$i<$#samples;$i )
{
$sumHash{
$samples[$i]} =$arr[$i];
}
}
close(RF);
open(WF,">lefse_input.txt")or die $!;
#print WF "Taxonomy";
#for(my $i=1;$i<$#samples;$i )
#{
# print WF "t" .$samples[$i];
#}
#print WF"n";
print WF "sampleType";
for(my $i=1;$i<$#samples;$i )
{
print WF "t" . $mapHash{
$samples[$i]};
}
print WF "n";
foreach my $key(sort (keys %hash))
{
next if($key=~/Unassigned/);
print WF $key;
for(my $i=1;$i<$#samples;$i )
{
print WF "t" . ${
$hash{
$key}}{
$samples[$i]}/$sumHash{
$samples[$i]}*100;
}
print WF "n";
}
close(WF);将以上代码保存为lefse.pl, 然后cd到相应目录，将输入文件lefse_input.txt（以picrust2输出的meta表为例） ，和map文件 sample-meta.txt,放到该pl同一目录下，然后运行
perl lefse.pl 然后就可以根据官方教程，进行上传生成LEFse分析表格。
更多微生物组学分析代码与方法，欢迎访问zlab仓库https://github.com/zlabx 参考文献：
docker安装Lefse和分析流程
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