在处理fasta序列的时候，我们经常需要获取每一条fasta序列的长度。今天小编就跟大家来分享四种获取fasta序列长度的方法。
一、awk
代码语言：javascript复制awk '/^>/{if (l!="") print l; print; l=0; next}{l =length($0)}END{print l}' test.fasta输出为
代码语言：javascript复制>Chr1
15704606
>Chr10
8327059
>Chr11
8696443
>Chr12
7853492
>Chr13
4340075
>Chr14
6288713
>Chr2
9509017
>Chr3
11222275
>Chr4
7647452
>Chr5
7499939
>Chr6
4872821
>Chr7
8973615
>Chr8
8275968
>Chr9
8318069二、bioawk
代码语言：javascript复制conda install bioawk
bioawk -c fastx '{ print $name, length($seq) }' < test.fasta得到的结果如下：
代码语言：javascript复制Chr1 15704606
Chr10 8327059
Chr11 8696443
Chr12 7853492
Chr13 4340075
Chr14 6288713
Chr2 9509017
Chr3 11222275
Chr4 7647452
Chr5 7499939
Chr6 4872821
Chr7 8973615
Chr8 8275968
Chr9 8318069三、samtools
代码语言：javascript复制#生成.fai文件
samtools faidx test.fasta
#提取前两列
cut -f1-2 test.fasta.fai生成的.fai文件如下，前两列正好就是fasta序列的名字和长度。
.fai文件的每一列的具体含义
代码语言：javascript复制第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；
第二列 LENGTH: 序列的长度， 单位为bp；
第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；
第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；
第五列 LINEWIDTH : 行宽， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度， 包括换行符，三、seqkit
代码语言：javascript复制conda install seqkit
seqkit fx2tab --length --name --header-line test.fasta
