单细胞小提琴图+箱型图

做单细胞数据分析的时候，我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot，专门用来画小提琴图的。

我们来看看这个函数的参数和使用方法

我们用Seurat单细胞绘图函数DimHeatmap中的数据来举个例子。

我们看CD3E这个基因在不同细胞亚群中的表达情况，先用默认参数看看效果

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load("scRNA.rds")
library(Seurat)
library(ggplot2)
VlnPlot(scRNA, features = "CD3E")

默认情况下，会同时画出小提琴图和散点图，还有右侧的图注。

如果不想要右侧的图注，可以使用NoLegend()

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VlnPlot(scRNA, features = "CD3E") NoLegend()

如果散点图也不想要，这个时候我们就要去研究一下VlnPlot这个函数的参数了，

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pt.size  
Point size for geom_violin

我们发现pt.size是控制点大小的，因此我们可以把点的大小设置成0试试

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VlnPlot(scRNA, features = "CD3E",pt.size = 0) NoLegend()

看样子是work的

可能有些人想同时把箱型图也画出来，这样能看出各个分位数以及中值的情况。其实也很容易，VlnPlot这个函数实际上是基于ggplot写的，所以可以通过geom_boxplot()来添加箱型图

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VlnPlot(scRNA, features = "CD3E",pt.size=0) geom_boxplot() NoLegend()

效果如下

箱体的宽度和颜色有点奇怪，接下来我们来微调一下

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VlnPlot(scRNA, features = "CD3E",pt.size=0) 
  #width控制箱体宽度，col控制边框颜色，fill控制填充颜色
  geom_boxplot(width=.2,col="black",fill="white")  
  NoLegend()

大功告成

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