偶然间发现这个功能强大的软件，说起基因注释分析工具，会立刻想到DAVID。不可否认，DAVID的确能实现基因功能和通路注释等功能。但是毛病也不少，数据更新慢，处理速度慢等。这次就是因为要处理上万个gene,处理速度实在是太慢了，才寻求它法找到这么个好东西。简直秒杀DAVID,堪称傻瓜操作级别。
metascape介绍
它对自己的介绍是提供基因注释和分析资源的门户网站，帮助生物学家理解一个或多个基因列表。Metascape提供自动化元分析工具，以了解一组正交目标发现研究中的常见和独特途径。它还支持基于BioGrid的蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）分析，基因本体论（GO）网络的交互式可视化和富集热图生成。
Metascape的数据不仅更新快，其覆盖面也相当广泛。从数据库种类来说，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源，使其不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析，致力于为科研工作者提供每个基因全面而详细的信息。
从所支持的物种数量来说，Metascape不仅能处理人类物种的基因，还能处理包含动物、植物、真菌类和原生生物等多个类别中主要的模式生物的基因。
它的优势是：
1.数据更新快 2.数据每个月就会更新一次
3.覆盖面广泛 从数据库种类来说，它整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据资源，使其不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析。从所支持的物种数量来说，Metascape不仅能处理人类物种的基因，还能处理包含动物、植物、真菌类和原生生物等多个类别中主要的模式生物的基因。
4.操作简单、方便 Metascape对多个不同gene list提供两种分析模式，第一种可以将不同的gene list进行合并分析，从而免去使用者自行合并不同list的烦恼；第二种可以将不同gene list进行独立分析，通过比较找出不同list之间共享或者特异存在的生物过程与通路等。
Metascape的工作流程
Metascape采用的是一种称为“CAME”的通用分析工作流程，概述如下：
- ID转换 (Conversion)——将用户输入的基因标识符自动转换为目标物种的Entrez gene IDs；
- 注释 (Annotation)——为基因列表添加注释列，包括基因的描述、功能和蛋白质分类等；
- 归类 (Membership)——获取感兴趣的基因集。例如，获取被归为以“cancer”作为关键字的GO生物过程分类的基因。
- 富集 (Enrichment)——对基因列表的功能富集分析，识别具有统计意义的通路。最新的版本还包括蛋白质网络分析，可以用来识别和获取具有紧密连接的蛋白质网络元件 (如Oct4、Sox2和Nanog网络)。
新版本的Metascape可以分析多种模式生物的基因，用户只需输入基因或蛋白质名称(很多基因名均可识别)，就可以借助Metascape网站快速获得基因注释、基因功能、基因分类、富集的通路以及蛋白质相互作用网络(可导入Cytoscape再处理)。这对于大多数的日常分析需求来说已经足够了。
Metascape的Express Analysis
1.提交基因列表
打开Metascape主页（http://metascape.org），页面左侧最明显的一块就是进行Express Analysis的区域。提交基因的时候，可以选择从本地文件上传gene list，如果需要分析的基因数目较少，也可以直接在输入框中粘贴基因。
TIPS：
要留心所支持的文件格式与表示基因的方式。
1. Metascape支持3种gene list提交格式，分别是Excel表格，CSV格式与TXT文本格式。在基因列表提交框的右侧，有每一种格式的具体示例可供下载。
2. Metascape支持的基因表示方式也有三种，分别是Gene Symbol，RefSeq ID和Entrez Gene ID，这三种表示方式在输入框的右侧也有具体示例。
3. 当一起提交多个gene list时，还需要特别注意一点：如果想将不同的list分别进行分析，则一定要勾选最上方的【Multiple Gene List】选项，否则Metascape会将多个list整合成一个list一起分析。
2.选择物种信息
选择提交的gene list的物种来源信息和想以哪个物种作为基准来分析。
3.点击【Express Analysis】然后开心的等待收结果
Metascape所生成的结果文件无敌酷炫，其中包含很多不同种类的数据和图片。为了方便科研工作者进行使用，Metascape将数据类的结果文件生成Excel统计表格式，供用户进行下载。而图片类的结果，则会被Metascape自动生成一个PPT。
Metascape还提供所有种类结果文件的打包下载，一个压缩包全部搞定。当然了，作为一个在线应用工具，Metascape也可以在网页上浏览生成的结果报告，但需要注意的是，在线结果报告只能保留72小时，超过72小时之后就需要对数据进行重新分析。
富集分析
多组学列表联合分析
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