【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案

前面给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数 R自带的配色方案来绘制热图

☞【R语言】热图绘制-heatmap函数

☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板

也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数 gplots的配色方案来绘制热图

☞R语言】热图绘制-heatmap gplots配色方案

☞R语言中的颜色(二)-gplots包

今天我们接着来聊heatmap这个函数绘制热图，这次我们使用grDevice这个R包里面的配色方案

R语言中的颜色(三)-grDevice包

首先我们还是先读取需要的数据，这里用到的数据跟【R语言】热图绘制-heatmap函数用到的数据是一样的

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#读取所有miRNA的表达矩阵
expr=read.table("miRNA_expr.txt",header=T,row.names=1,sep="t")
#读取差异表达分析结果
#差异表达分析可以参考https://ke.qq.com/course/package/37513
deg=read.table("MIR_DEG_fc_2.5_pval_0.01.txt",header=T,row.names = 1,sep="t")
#设置样本类型
type=factor(rep(c("CR","CC"),each=3))
#提取差异表达miRNA的名字
miRNA=rownames(deg)
#提取差异表达miRNA对应的表达矩阵
data=as.matrix(expr[miRNA,])

接下来我们使用grDevice包里面的两个函数来生成配色方案

这个R包提供两个颜色相关的函数

colorRamp()
colorRampPalrttr()

1. 利用colorRampPalette生成颜色函数b2p1，由绿色到红色的渐变

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#利用colorRampPalette生成颜色函数b2p1，由绿色到红色的渐变
b2p1 <- colorRampPalette(c("green", "red"))
#生成25种颜色
heatmap(data, cexCol = 1,scale="row",col = b2p1(25))

2.利用colorRampPalette生成颜色函数b2p1，由绿色到黄色再到红色的渐变

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#利用colorRampPalette生成颜色函数b2p1，由绿色到黄色再到红色的渐变
b2p1 <- colorRampPalette(c("green","yellow", "red"))
#生成25中颜色
heatmap(data, cexCol = 1,scale="row",col = b2p1(25))

3.利用colorRamp生成颜色函数b2p2,由绿色到红色的渐变

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#利用colorRamp生成颜色函数b2p2,由绿色到红色的渐变
b2p2 <- colorRamp(c("green", "red"))

#利用rgb函数将RGB值转换成hex值，生成25种颜色
col=apply(b2p2(seq(0, 1, len = 25)),1,function(x){
  rgb(x[1],x[2],x[3],maxColorValue = 255)
})
heatmap(data, cexCol = 1,scale="row",col = col)

4.利用colorRamp生成颜色函数b2p2，由绿色到黄色再到红色的渐变

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#利用colorRamp生成颜色函数b2p2，由绿色到黄色再到红色的渐变
b2p2 <- colorRamp(c("green","yellow", "red"))

#利用rgb函数将RGB值转换成hex值，生成25种颜色
col=apply(b2p2(seq(0, 1, len = 25)),1,function(x){
  rgb(x[1],x[2],x[3],maxColorValue = 255)
})
heatmap(data, cexCol = 1,scale="row",col = col)