相信大家对GO和KEGG富集分析并不陌生,有时候富集分析会得到很多显著的结果。全部展示,版面不够。但是如果只展示前几个显著的GO条目或者KEGG通路的话,跟自己研究的对象相关的又不在里面。
今天小编就来帮助大家解决这个尴尬的问题,把我们感兴趣的GO条目和KEGG通路挑出来,然后再来画图。有人可能要抬杠了,这不是伪造数据吗?NO,NO, NO, 我们挑选出来展示的结果肯定也要是显著的。我们没有篡改任何数据,只是把“最美”的一面展示给大家。如果你一定要抬杠,我们也可以把完整结果放到附件里面。
关于DAVID这个工具,小编前面也用了好几期的内容来给大家介绍。如何使用DAVID做GO和KEGG富集分析,并且给大家演示了如何使用Excel,零代码展示GO和KEGG富集分析的结果。
1.基因富集工具DAVID介绍(一)-基因ID转换 2.基因富集工具DAVID介绍(二)-KEGG富集分析 3.基因富集工具DAVID介绍(三)-零代码展示KEGG富集结果 4.基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG
6.零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC
也给大家介绍了,使用R语言来展示DAVID富集分析的结果。
☞【R】四种风格展示DAVID GO富集分析结果
☞ 【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化
如果把上面的内容都理解了,展示部分结果就是手到擒来的事情。只需要三步
1)下载DAIVD富集分析完整结果
GO富集分析结果
KEGG富集分析结果
2)挑出自己感兴趣的GO条目或者KEGG通路
这一步又有两种方法,第一种是做加法,从完整的结果里面挑出感兴趣的结果,一般GO展示30条结果,MF,CC,BP各10条。KEGG一般展示10条结果。这样工作量比较小。另外一种方法是做减法,从完整结果里面删除不要的条目和通路。这里可以根据自己的喜好选择。确保挑选出来的结果格式跟原始结果格式是一致的。
3)采用Excel或者R来展示挑选出来的结果
采用Excel展示结果可以参考
☞基因富集工具DAVID介绍(三)-零代码展示KEGG富集结果 ☞基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示
☞零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG
☞零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC
使用R来展示结果可以参考
☞【R】四种风格展示DAVID GO富集分析结果
☞ 【R语言】DAVID KEGG富集分析结果可视化
在腾讯课堂上也有完整的视频教程
DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化
课程网址:
https://ke.qq.com/course/4547082