awk比较两文件(-)

2022-09-28 10:17:29 浏览数 (1)

发现awk比较的时候可以用-代替某一个文件,这样让整个代码更灵活:

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cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' 1.txt -

取代第一个文件的位置:

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cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' - 1.txt

这样在提取bam文件的信息的时候比较方面,比如:

代码语言:javascript复制
samtools view -@ 8 reads.bam | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' reads_name.txt -
awk

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