发现awk比较的时候可以用-代替某一个文件,这样让整个代码更灵活:
代码语言:javascript复制cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' 1.txt -
取代第一个文件的位置:
代码语言:javascript复制cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' - 1.txt
这样在提取bam文件的信息的时候比较方面,比如:
代码语言:javascript复制samtools view -@ 8 reads.bam | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' reads_name.txt -