Docker 快速部署 Slurm 集群

2022-10-28 11:05:46 浏览数 (1)

前言

​

  前段时间为了能让运行的 CONQUEST 任务在后台运行、并尽可能地进行资源调控，特别采用了 Slurm 作业管理系统。Slurm 单节点的部署配置还是比较简单的，直接运行本人构建好的镜像就可以了。随着对 Slurm 的深入了解，笔者发现 Slurm 在集群部署上比其他作业管理系统更加简单方便，因此有了在多机集群上部署一个 Slurm 集群的想法。经过调查发现以下两种通用的部署 Slurm 集群的方案：

  • 第一种是：在物理机或虚拟机上采用 Slurm Database 的方式部署，
  • 第二种是：在 Docker 集群上使用 Docker 部署。

  考虑到应用环境的部署应尽可能与物理机环境隔离开，所以个人偏向于采用 Docker 的方式部署 Slurm 集群。再者说，无论是部署、管理上的便捷性，还是未来的可扩展性，这种方式都是更有优势的。在网上经过一番搜索后，本人发现了一个类似的“使用 Docker 部署 Slurm 集群”的开源项目 SciDAS/slurm-in-docker。总的来说，这个项目在设计上的确是很完整的，设计的架构图也非常好，但是在对这个项目的学习和实践过程中也发现一个问题。不知道是不是经过了版本迭代的缘故，有一些代码的目录组织有些出入，在构建基础镜像的时候就失败了。加之，这个项目采用了数据库，而且只适用于单机上部署 Slurm 集群，和本人的诉求有些不一致。所以也排除了这种方法。

  本人目前的条件和需求如下：

  • 拥有若干台服务器的非 root 权限用户账号和 Docker 运行权限；
  • 服务器之间共用了同一个 NAS 服务器；
  • 想要在这些服务器上搭建一个可用的高性能 Slurm 集群。

  根据往常的经验，觉得可能还是需要先 Docker 集群化，然后在 Docker 集群上运行 Slurm 集群。而目前比较熟知的流行的 Docker 集群化方法主要有 swarm，kubernetes 以及 rancher 等，但是这些基本上都需要 root 权限，并需要安装某些软件在物理机系统上，这与现有的条件和想法还是有点冲突。所以产生了一个大胆的想法——如果没有 Docker 集群，能不能部署可用的高性能 Slurm 集群呢？这个想法其实在上面提到的开源项目的架构图（下图）中就找到了答案。如图所示，对于 Slurm 集群来说最重要的其实是 6817 和 6818 两个端口的通信。图中的数据库的目的是为了保证 Slurm 节点的用户名一致，事实上可以想到别的办法来替代它。所以，即使把数据库去掉，也不建立集群节点之间的相互无密码登录，只要保证 Slurm 节点的这两个端口能够互相访问到，就可以成功部署 Slurm 集群。

(上图引用自 https://github.com/SciDAS/slurm-in-docker )

安装配置

  Slurm 集群的节点之间通过 6817 和 6818 两个端口进行通信，其基础的配置就是 munge key 和 slurm.conf 两个文件一致，相互之间互信。如果不同服务器上采用相同的 Docker 镜像的话，那么 munge key 肯定是一致的。而 slurm.conf 文件的一致性可以在启动时用挂载的方式使用同样的文件来保证。当然，这里也需要集群节点之间能够互相“认识”对方，即可以通过主机名来知道对方的 ip，并通过开放的端口进行通信。为此，使用同样的、有完整 ip 对应的 hosts 文件以及固定的 hostname 也是有必要的。

  事实上，这里有两点我们还需要注意一下：

  • 当 Slurm 集群中的节点互相之间都可以通过给定的两个端口进行通信之后，任何一个节点都可以作为任务管理节点。这也就是说，节点之间是等价的，不存在绝对的管理节点，这也从侧面提高了集群的可靠性。
  • 服务器的操作系统和 Docker 版本对这个方案没有任何影响，只要 Docker 镜像完全相同即可。

  因为本人的主要目的还是要在 Slurm 集群上运行 CONQUEST，所以就以 CONQUEST 的 slurm-ssh 镜像为例。

环境描述

  • 有三台已安装 Docker 的 Ubuntu 服务器
  • 已安装 docker-compose 工具

部署配置文件

  将 slurm.conf 和 Hostname 文件放置在 NAS 共享目录 /data/slurm/，文件内容如下：

代码语言：javascript复制
# slurm.conf file generated by configurator easy.html.
# Put this file on all nodes of your cluster.
# See the slurm.conf man page for more information.
#
ControlMachine=worker01
#ControlAddr=
#
#MailProg=/bin/mail
MpiDefault=none
#MpiParams=ports=#-#
ProctrackType=proctrack/pgid
ReturnToService=1
SlurmctldPidFile=/var/run/slurm-llnl/slurmctld.pid
SlurmctldPort=6817
SlurmdPidFile=/var/run/slurm-llnl/slurmd.pid
SlurmdPort=6818
SlurmdSpoolDir=/var/spool/slurmd
SlurmUser=slurm
#SlurmdUser=root
StateSaveLocation=/var/spool/slurm-llnl
SwitchType=switch/none
TaskPlugin=task/none
#
#
# TIMERS
#KillWait=30
#MinJobAge=300
#SlurmctldTimeout=120
#SlurmdTimeout=300
#
#
# SCHEDULING
FastSchedule=1
#SchedulerType=sched/backfill
#SelectType=select/linear
SelectType=select/cons_res
SelectTypeParameters=CR_CPU
#
#
# LOGGING AND ACCOUNTING
AccountingStorageType=accounting_storage/none
ClusterName=workq
#JobAcctGatherFrequency=30
JobAcctGatherType=jobacct_gather/none
#SlurmctldDebug=3
#SlurmctldLogFile=
#SlurmdDebug=3
#SlurmdLogFile=
#
#
# COMPUTE NODES
NodeName=worker01 CPUs=128 State=UNKNOWN
NodeName=worker02 CPUs=128 State=UNKNOWN
NodeName=worker03 CPUs=128 State=UNKNOWN
PartitionName=cpu Nodes=ALL Default=YES MaxTime=INFINITE State=UP
代码语言：javascript复制
127.0.0.1       localhost
::1     localhost ip6-localhost ip6-loopback
fe00::0 ip6-localnet
ff00::0 ip6-mcastprefix
ff02::1 ip6-allnodes
ff02::2 ip6-allrouters
192.168.100.11     worker01
192.168.100.12     worker02
192.168.100.13     worker03

启动 Docker 实例

  为了便于启动和管理 Docker 实例，这里建议采用 docker-compose 的方式。以下为 docker-compose.yml 文件内容：

代码语言：javascript复制
version: '3.9'

services:
  worker01:
    image: zhonger/conquest:slurm-ssh
    container_name: worker01
    stdin_open: true
    tty: true
    volumes: 
      - /data/slurm/slurm.conf:/etc/slurm-llnl/slurm.conf
      - /data/slurm/hosts:/etc/hosts
      - /data/cq:/home/ubuntu/cq
    ports:
      - 6817:6817
      - 6818:6818
    environment:
      - GITHUB_NAME=zhonger
    restart: always
    hostname: worker01
    networks:
       extnetwork:
          ipv4_address: 192.168.16.2

networks:
   extnetwork:
      ipam:
         config:
         - subnet: 192.168.16.0/24
           gateway: 192.168.16.1

注意

  这里为了支持 ssh 登录特意添加了 networks 节来规范容器实例 ip，非管理节点建议去掉这一节。另外，每个主机上的 container_name 和 hostname 都应该分别对应修改为 worker02 和 worker03。

  使用 docker-compose up -d 命令在三台主机上启动容器实例（此处主机启动实例先后顺序没有区别，可以随意调整）。在最后启动的实例所在宿主机上使用 docker logs {container_name} 命令可以看到所有 Slurm 集群节点都处于 idle (空闲)状态。至此，一个可用的 Slurm 高性能集群就搭建成功了，是不是觉得有点简单哈？

问题解决

问题

问题描述：偶然发现 Slurm 集群中某些节点状态变成了 Unknown 怎么办？

解决办法

解决办法：在该节点的容器内使用 sudo service slurmctld restart 尝试重启 slurmctld 服务。一般情况下这样做是有效的，但也有不好使的时候，那么就可以在宿主机上 docker-compose.yml 所在目录使用 docker-compose down && docker-compose up -d 重建该节点。注意，由于配置文件和主要代码文件都是用的 NAS，这里的容器销毁和重建是不会有任何影响的。

问题

问题描述：集群的管理节点成功启动但是一直处于 Unknown 状态怎么办？

解决办法

解决方法：这个问题和上一个问题描述上听着有点差不多，但是有所区分。如果是管理节点处于 Unknown 状态，并且经过上一问题解决方法还是不在线，那么就需要将管理节点调整到其他节点。调整管理节点就是将 slurm.conf 文件中 ControlMachine 字段修改一下就可以，修改之后对所有节点进行重建（不是重启容器实例哦）。

问题

问题描述：如果没有共用 NAS 怎么办？

解决办法

解决方法：在没有共用 NAS 的情况下，想要 Slurm 集群的节点共用同样的配置和代码目录可以通过“在管理节点物理机上搭建 NFS 服务器”的方式来解决。关于 NFS 服务器的搭建和容器中挂载 NFS 文件系统的有关教程可以在网络上搜索到，这里就不再赘述了。

问题

问题描述：集群中的某个节点在集群中的状态为 Down 怎么办？

解决办法

解决方法：这种情况下，只需要在 Down 状态的节点中运行 sudo scontrol show node 命令确认一下是否因为物理机重启而造成节点状态发生改变。如果是 Reason=Node unexpectedly rebooted，就是这个原因导致的。可以采用 sudo scontrol update NodeName=worker01 State=IDLE 命令将该节点的状态重新设为空闲可用。

参考资料

  • SciDAS/slurm-in-docker
  • srun fails after node reboot

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（采用 CC BY-NC-SA 4.0 许可协议进行授权）

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容器镜像服务 容器 bash bash指令

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