安排新来的实习生整理最简单的GEO数据库的表达量芯片数据处理代码,有一个拼图的需求,不知道为什么实习生找到了一个customLayout包,但是无法安装和使用它,所以求助了我。
我看了看,直接安装customLayout确实会报错:
报错
简单的搜索一下customLayout的官网 :
customLayout的官网
可以看到每个包都可以通过这样的URL查询:
- https://cran.r-project.org/package=customLayout
会根据包的情况自动跳转,这个包就进入了:https://cran.r-project.org/web/packages/customLayout/index.html
很明显,它这个customLayout其实是被放弃了 :
代码语言:javascript复制Package ‘customLayout’ was removed from the CRAN repository.
Formerly available versions can be obtained from the archive.
Archived on 2021-01-24 as check problems were not corrected in time.
所以只能是看历史版本:https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/customLayout/
可以看到有多个时间线的版本:
代码语言:javascript复制customLayout_0.1.0.tar.gz 2018-09-12 17:10 130K
customLayout_0.2.0.tar.gz 2018-09-27 16:20 953K
customLayout_0.3.0.tar.gz 2018-10-31 08:20 1.3M
customLayout_0.3.1.tar.gz 2020-01-17 13:20 1.3M
customLayout_0.3.2.tar.gz 2021-01-14 16:20 1.3M
很简单的安装这个 退出历史舞台的R包 :
代码语言:javascript复制packageurl <- 'https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/customLayout/customLayout_0.3.2.tar.gz'
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
大概率是缺这个退出历史舞台的R包的相关依赖包,比如我电脑就缺了一个,需要先单独安装它依赖的包即可 :
单独安装
是不是很简单啊!
需要基本生信背景知识
当然需要读者具备计算机基础知识,我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理:
- 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》
- 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》
其中,R语言可能更重要一点,我把R的知识点路线图搞定,如下:
- 了解常量和变量概念
- 加减乘除等运算(计算器)
- 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子)
- 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表)
- 文件读取和写出
- 简单统计可视化
- 无限量函数学习