目前,绝大部分小伙伴手上的单细胞转录组数据仍然是一个样品3万人民币左右的时候产出的,而单个项目通常是好几个甚至十几个或者几十个10x样品,取决于财力。
如果你有这样的单细胞转录组项目那么数据处理不太可能就直接使用公司简单的降维聚类分群了,需要一些高级分析,比如拟时序,转录因子分析,细胞通讯, 它们大多对计算资源的消耗比较可观,并不是大家的个人笔记本电脑可以hold住的。
我们根据过往的两百多个单细胞数据处理项目经验归纳总结出来了2个最适合单细胞转录组数据分析的服务器配置,
第一款:32核心64线程 192GB内存
(人民币3万含税的单细胞数据处理服务器)
配置总览:定制版塔式服务器,单路 AMD EPYC 32核心64线程 192GB内存 900Gb固态 32T机械硬盘
详情如下所示:
定制版塔式服务器
第二款:48核心96线程 512GB内存
(人民币4.7万含税的单细胞数据处理服务器)
型号规格: HSA96-512塔式服务器,双路AMD EPYC 48核心96线程 512GB内存 900Gb固态 48T(raid5 可用约38T)机械硬盘!
有了这样的服务器,你不仅仅是可以完成你自己的单细胞项目的降维聚类分群,而且很容易完成各式各样的高级分析,我们也多次分享过细节教程:
- 张泽民团队的单细胞研究把T细胞分的如此清楚
- 细胞通讯分析的背景知识
- 构建单细胞亚群网络(类似于细胞通讯分析)
- 细胞通讯分析结果的解读
- SCENIC转录因子分析结果的解读
- 人人都能学会的单细胞聚类分群注释
- 对单细胞表达矩阵做gsea分析
- 单细胞转录因子分析之SCENIC流程